ChemCraft绘制分子轨道图

wanghanlu

ChemCraft绘制分子轨道图

                                                   ----------2013-4-1于茂名

ChemCraft是与一些量子化学软件一起使用的图形用户界面程序，主要用于显示计算结果和绘制各种输出图形，可以用于Gamess（US），Gaussian等。但我觉得它的帮助和网站对使用的介绍不是特别详细，或者是我没有找到。下面分享一下我的一些简单使用。

1．先在这个网站下载ChemCraft软件，最新版为1.7版。我在这下载的是windows版的。
http://www.chemcraftprog.com/download.html


2．安装软件
标准的windows软件安装，如果不想改什么，就直接下一步。最后会弹出来，只有150天的使用期限.


在网上找这个序列号，可以注册的。

03236477744179780554
83707844368006566910
38530539491588729738
31387964971014746885
11345644226535747436
79993014204181278433
11141501269225233073
15570380810924683718

在help菜单下，查看license information，已经变成学术许可了。

3．绘制分子十字椭圆图
很简单：打开一个Gaussian输出文件，.out文件就可以，不过有时候它对一些输出文件直接打不开，转换成PDB文件就可以了。我打开是一个苯的结构图。


标准显示如下：


点击菜单”display”-à”Cutomize”,选择”Edit sheme”，


在Commoan Properties下标签卡下选择Grid on atioms 打勾，然后点击”Apply”就可以了。


显示图形如下：


在刚才那个界面中还可以修改各元素的显示的颜色，这和Gview是差不多的，不过好像Gview是不能绘十字椭圆图的。


4．绘制分子轨道图

一般呢，ChemCraft要求大家在输入文件中加入#P  和pop=full，这样输出的结果更加详细点，下面我就用#p b3lyp/6-31g pop=full geom=connectivity计算了一下苯的能量，并且保存了chk文件。

打开chk文件，它需要转换一下，第一次打开chk文件它要你提拱formchk程序的路径才可以正确打开，formchk程序就在高斯的安装目录下，直接选择就可以了。
打开之后，
a)      选择Tools---》Orbitals-àRender molecular orbitals


b)      选择要绘制的分子轨道，然后点击OK。


c)      回到主界面，点击刚才选中那条分子轨道。


d)      在下面的面板点击show mapped spheres就可以了。


Style有三种样式Points,Lines,Surface三种形式，默认Points，绘制的速度比Gview 快多了。

各种样式可以自己修改。Lines样式，一下就可以转换样式了。比Gview要好。


Surfaces样式

显示平面图show mapped plane

显示等值面show isosurface：

还有很多可用的，我也不是用得很全，反正用来显示是足够啦。