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[Schrodinger] schrodinger glide对接完得到小分子后怎么计算CScore

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发表于 2013-4-1 10:45:13 | 显示全部楼层 |阅读模式

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如题,本人刚学对接,看到有关文献说做完对接后可以将小分子导入SYBYL中计算其一致打分,我不知道怎么办,求解!!
发表于 2013-9-2 17:38:22 | 显示全部楼层
sybyl的一致性打分其实很扯淡,就是把其他几个打分加给出一个整数值。

可以导入 sybyl,然后用命令行输入执行,具体参见sybyl的说明书(help)。
发表于 2013-9-2 17:39:56 | 显示全部楼层
恕我直言,Glide计算后的结果再用cscore简直是画蛇添足:)schordinger里面的mmgbsa计算下还是可以的。
 楼主| 发表于 2013-9-2 17:43:12 | 显示全部楼层

呵呵,我现在已经知道这个是扯淡了,那时候就是主要想学方法,谢谢你。
发表于 2013-9-3 08:29:41 | 显示全部楼层
niuyuzhen110 发表于 2013-9-2 17:43
呵呵,我现在已经知道这个是扯淡了,那时候就是主要想学方法,谢谢你。 ...

呵呵 不客气哈,那时候主要在整理论坛的后台设置,都没有注意到帖子,实在惭愧。
发表于 2013-9-3 20:48:27 | 显示全部楼层
Cscore本身还是有理论依据的,相关文献讨论也很多,不过选取的打分方法需要自身比较靠谱,并按照合适的逻辑组合起来才能提高准确度。可以尝试不直接用sybyl的Cscore方法,而是自己找更加主流的打分方法组合起来用,个人认为还是有意思的吧。
 楼主| 发表于 2013-9-5 15:04:16 | 显示全部楼层
pesticide_ccnu 发表于 2013-9-3 20:48
Cscore本身还是有理论依据的,相关文献讨论也很多,不过选取的打分方法需要自身比较靠谱,并按照合适的逻辑 ...

是的,说的很好
发表于 2013-9-5 20:00:39 | 显示全部楼层
CScore还是有用的 现在用于虚拟筛选的Consensus scoring function 还是被很多文献证明是很有用的  筛到化合物的活性和骨架新颖性都较单一的打分好。
记得有句话是这样的:“Any scoring function may be wrong in a given situation,
but it’s unlikely that all functions will be wrong at the same
time”
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