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[AutoDock&Vina] Sail_Vina 1.0正式版(Vina虚拟筛选/反向对接图形界面)

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发表于 2018-8-30 18:07:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 beikwx 于 2018-8-30 18:15 编辑

之前对接都是用的脚本,感觉很麻烦。之后又用了下pyRx,发现特别坑,有些都已经很老了,无奈就自己用python写了一个图形界面,均采用最新的软件,完全开源,自己使用还没发现问题。使用的还是Vina和obabel的工具。

软件介绍:autodock Vina的批量对接的图形界面,可以完成以下功能:
1。生成config文件。也可以通过选择共晶的配体自动生成最小盒子,参考文献:
Feinstein WP, Brylinski M. (2015) Calculating an optimal box size for ligand docking and virtual screening against experimental and predicted binding pockets. J Cheminform 7 (1): 18.
采用了里面的算法,十分感谢~

                               
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2.批量配体准备:
可以批量将2D格式转换为3D格式(可以指定任意支持的格式),并通过MMFF94力场进行能量最小化。再通过ADT内置的准备方法批量准备配体保存为pdbqt格式。
TIM截图20180829214112.png
3.批量分子对接。可以实现单/多个配体和单/多个受体之间的对接。

                               
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4.对接后处理:
进行对接分数的整合,自动生成excel格式,将打分情况清晰的输出。并且可以提取出打分最低的构象并实现对接后配体和受体的结合,方便之后进行结合模式的分析等。

                               
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感谢@cewinhot对bug的反馈~~


如果使用有问题可以通过邮箱联系:
studyforever0225@gmail.com


务必先参考教程。

之后的话打算添加几个功能,看之后有没有时间,如果有什么想法可以说,我看看能不能加入进去。
1.选择能量优化的立场,更多配体转化的选项。
2.柔性受体对接:目前对接方案受体都是刚性的,不过已经满足大部分需求了。
3.分子生成器:指定R基团,替换成各种药物常见基团用于虚拟筛选。

支持大部分windows系统,win7可能有一些问题,欢迎交流反馈。

Sail_Vina_v1.0(64位).zip

8.69 MB, 下载次数: 28

64位

Sail_Vina_v1.0(32位).zip

8.83 MB, 下载次数: 11

32位

SailVina_tutorial.zip

3.03 KB, 下载次数: 16

教程

发表于 2018-8-31 21:56:12 | 显示全部楼层
楼主好厉害!给你点赞
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