Sail_Vina 1.0正式版（Vina虚拟筛选/反向对接图形界面）

beikwx

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2.0版本正在重新制作，暂时不要使用1.0版本，确实用起来很是问题。估计下个星期出一个beta版本，只包括基本功能（config构建，配体格式转换，批量对接。）。之后再准备加自动准备受体，计算对接和原始构象的rmsd，生成分子间作用力（plip模块）等一些功能。到时候再放到github上吧。估计还要弄好久，白天要做实验，晚上熬夜写一点只能这样了。。
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之前对接都是用的脚本，感觉很麻烦。之后又用了下pyRx，发现特别坑，有些都已经很老了，无奈就自己用python写了一个图形界面，均采用最新的软件，完全开源，自己使用还没发现问题。使用的还是Vina和obabel的工具。

软件介绍：autodock Vina的批量对接的图形界面，可以完成以下功能：
1。生成config文件。也可以通过选择共晶的配体自动生成最小盒子，参考文献：
Feinstein WP, Brylinski M. (2015) Calculating an optimal box size for ligand docking and virtual screening against experimental and predicted binding pockets. J Cheminform 7 (1): 18.
采用了里面的算法，十分感谢~

                               
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2.批量配体准备：
可以批量将2D格式转换为3D格式（可以指定任意支持的格式），并通过MMFF94力场进行能量最小化。再通过ADT内置的准备方法批量准备配体保存为pdbqt格式。

3.批量分子对接。可以实现单/多个配体和单/多个受体之间的对接。

                               
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4.对接后处理：
进行对接分数的整合，自动生成excel格式，将打分情况清晰的输出。并且可以提取出打分最低的构象并实现对接后配体和受体的结合，方便之后进行结合模式的分析等。

                               
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感谢@cewinhot对bug的反馈~~


如果使用有问题可以通过邮箱联系：
studyforever0225@gmail.com


务必先参考教程。

之后的话打算添加几个功能，看之后有没有时间，如果有什么想法可以说，我看看能不能加入进去。
1.选择能量优化的立场，更多配体转化的选项。
2.柔性受体对接：目前对接方案受体都是刚性的，不过已经满足大部分需求了。
3.分子生成器：指定R基团，替换成各种药物常见基团用于虚拟筛选。

支持大部分windows系统，win7可能有一些问题，欢迎交流反馈。

xufund

楼主好厉害！给你点赞

wsq2002gj

给你点赞!

tank

这个软件应该是好东西，可是安装似乎要求太高，也搞不清楚为什么每次总不
能正确运行

小崔

打不开config.txt和pdb以及pdbqt这三个文件，如何解决？

beikwx

2.0版本正在重新制作，这个用起来确实有些地方不说明白很难操作。主要1.0还是自己用的，没有太完善。

若水枫叶

好东西啊，还没有搞懂，能不能出个视频教程啊

shiyu52524

感谢！楼主很棒！github上面上传了的话我去观摩一下，有一些细节还不是太懂