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[其他] 如何模拟蛋白的氨基酸化学修饰

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发表于 2018-6-13 22:16:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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需要模拟蛋白表面的羧基氨基酸被氨基化合物共价修饰,需要用什么软件?谢谢大家!!
发表于 2018-6-14 10:09:18 | 显示全部楼层
需要模拟到什么程度?只是搭建模型,还是需要做分子动力学研究其结构变化?
发表于 2018-6-27 09:51:42 | 显示全部楼层
一般来说,如果你是要考虑修饰后的蛋白的稳定性或者是结构变化,可以使用分子动力学模拟软件,比如YASARA、Amber、Gromacs等。
 楼主| 发表于 2018-7-11 20:21:18 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-6-27 09:51
一般来说,如果你是要考虑修饰后的蛋白的稳定性或者是结构变化,可以使用分子动力学模拟软件,比如YASARA、 ...

你好!谢谢你的回答!
我现在还只是模拟修饰蛋白的阶段,比如蛋白表面的羧基被丙二胺修饰后的状态,这个是需要自己手动画吗,还是有软件可以模拟? 谢谢!
发表于 2018-7-16 12:17:47 | 显示全部楼层
Chouye2014 发表于 2018-7-11 20:21
你好!谢谢你的回答!
我现在还只是模拟修饰蛋白的阶段,比如蛋白表面的羧基被丙二胺修饰后的状态,这个是 ...

需要手动画,然后再计算,比如做分子动力学,研究整个体系的稳定性等。
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