如何模拟蛋白的氨基酸化学修饰

Chouye2014 · 发表于 2018-6-13 22:16:38

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需要模拟蛋白表面的羧基氨基酸被氨基化合物共价修饰，需要用什么软件？谢谢大家！！

川大-灰太狼 · 发表于 2018-6-14 10:09:18

需要模拟到什么程度？只是搭建模型，还是需要做分子动力学研究其结构变化？

川大-灰太狼 · 发表于 2018-6-27 09:51:42

一般来说，如果你是要考虑修饰后的蛋白的稳定性或者是结构变化，可以使用分子动力学模拟软件，比如YASARA、Amber、Gromacs等。

Chouye2014 · 发表于 2018-7-11 20:21:18

川大-灰太狼发表于 2018-6-27 09:51
一般来说，如果你是要考虑修饰后的蛋白的稳定性或者是结构变化，可以使用分子动力学模拟软件，比如YASARA、 ...

你好！谢谢你的回答！
我现在还只是模拟修饰蛋白的阶段，比如蛋白表面的羧基被丙二胺修饰后的状态，这个是需要自己手动画吗，还是有软件可以模拟？谢谢！

川大-灰太狼 · 发表于 2018-7-16 12:17:47

Chouye2014 发表于 2018-7-11 20:21
你好！谢谢你的回答！
我现在还只是模拟修饰蛋白的阶段，比如蛋白表面的羧基被丙二胺修饰后的状态，这个是 ...

需要手动画，然后再计算，比如做分子动力学，研究整个体系的稳定性等。

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