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[AutoDock&Vina] pyrx软件怎么设置坐标?

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发表于 2018-5-13 19:29:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想咨询一下,使用pyrx软件进行对接,怎么设置对接的坐标,有x/y/z坐标数值,拖动方盒很麻烦,很难设置到你想要的坐标,请问有什么别的方法吗?多谢了!
发表于 2018-5-13 20:20:07 | 显示全部楼层
方盒只要包含你想对接的活性位点就行,已经是很方便的事情了。
 楼主| 发表于 2018-5-13 21:13:29 | 显示全部楼层
还是没有理解,我用DS软件看到化合物坐标中心有个X、Y、Z值;在pyrx中拉方盒的位置使中心和DS类似,但不知道以X、Y、Z中心向外延伸多少?不像autodock X、Y、Z直接能填,然后有个向外扩充的值也能显示?pyrx中怎么没有?多谢!多谢!我也刚接触pyrx,请高人再指点一下。
 楼主| 发表于 2018-5-13 22:03:58 | 显示全部楼层
按着autodock教程事先把晶体复合物分开,所以只能记下配体的坐标,用pyrx重设中心时,只有把盒子拉的很小,坐标才符合记下的坐标,想问再怎么拉,autodock是有个条能看见扩张多少,pyrx怎么设?
还有个问题,最后对接得到的结果,不同构象和酶对接的打分,怎么把各种构象的文件都保存下来,在别的软件查看相互作用,我怎么保存的总是打分最高的构象,其余的构象怎么保存不了呢?求助怎么把所有的结果都保存下来。
发表于 2018-5-13 22:20:50 | 显示全部楼层
蝈蝈 发表于 2018-5-13 22:03
按着autodock教程事先把晶体复合物分开,所以只能记下配体的坐标,用pyrx重设中心时,只有把盒子拉的很小, ...

把化合物分子和蛋白导入Pyrx,然后用鼠标拖动盒子的大小就可以了,非常简单。拖动中间那个球就是移动整体的盒子,边上的球就是盒子的大小。

QQ截图20180513224312.jpg
发表于 2018-5-14 19:21:03 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-5-13 22:20
把化合物分子和蛋白导入Pyrx,然后用鼠标拖动盒子的大小就可以了,非常简单。拖动中间那个球就是移动整体 ...

如果不能确定具体的坐标的话。每次对接很难把box的参数弄一致。这是否会影响对接结果?
 楼主| 发表于 2018-5-14 21:29:37 | 显示全部楼层
最后对接得到的结果,不同构象和酶对接的打分,怎么把各种构象的文件都保存下来,在别的软件查看相互作用,我怎么保存的总是打分最高的构象,其余的构象怎么保存不了呢?求助怎么把所有的结果都保存下来。
发表于 2018-5-15 23:25:03 | 显示全部楼层
蝈蝈 发表于 2018-5-14 21:29
最后对接得到的结果,不同构象和酶对接的打分,怎么把各种构象的文件都保存下来,在别的软件查看相互作用, ...

Pyrx软件里面只能单独保存小分子为sdf或者pdb。但可以打开Pyrx的工作目录,里面的 Macromolecules有配体out文件,.pdbqt格式,这个用pymol可以观察到所有的小分子的构象。因为我的是win10系统,可能和你的路径不一样,我说的pyrx工作目录,可以在软件里面查看到,如下图。


QQ图片20180515232446.png
 楼主| 发表于 2018-5-16 09:30:33 | 显示全部楼层
多谢!多谢!我试试。
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