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[AutoDock&Vina] RMSD值怎么算?

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发表于 2018-4-24 12:11:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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从蛋白质晶体分别提取出蛋白质和配体,用autodock对接,然后对接结果的最优构象保存成pdb格式,用chimera提取配体构象,然后怎么和原有蛋白质晶体的配体构象进行对比,计算RMSD值?

听说VMD可以计算,但是不会用TUT,求帮忙.
发表于 2018-4-26 17:08:38 | 显示全部楼层
直接在autodock对接的时候就可以选择RMSD值对比哦,不需要用其他软件。
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