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[AutoDock&Vina] autodock在处理配体 detect root时报错

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发表于 2018-4-23 15:24:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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报错内容如下,求具体原因,似乎时键长出问题了,小分子是用chemdraw画的
Traceback (most recent call last):
  File "D:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "D:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 2389, in doit
    mol.LPO.autoroot()
  File "D:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 929, in autoroot
    self.RBM.autoroot()
  File "D:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 2139, in autoroot
    if not b.leaf:
AttributeError: Bond instance has no attribute 'leaf'
 楼主| 发表于 2018-4-26 14:24:53 | 显示全部楼层
换用ubuntu下的Autodock遇到同样的问题,检查了结构也没发现有问题,求大神指导方向
发表于 2018-4-26 17:07:44 | 显示全部楼层
atmdd 发表于 2018-4-26 14:24
换用ubuntu下的Autodock遇到同样的问题,检查了结构也没发现有问题,求大神指导方向 ...

估计是小分子用chemdraw画后有问题,你用chemdraw画了还优化了吗?什么立场优化的?
发表于 2018-6-11 11:47:57 | 显示全部楼层
你好!请问你的问题解决了吗?我遇到了相似的问题,不知道怎样解决。
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