求助，想构建自主设计的多肽药物序列，用什么软件合适

PennyL

多肽序列16-25个氨基酸，有环，有修饰，有L-氨基酸，N端有8-氨基辛酸修饰，希望与靶蛋白计算机模拟结合情况，预测结合我知道可以用dock，也根据吧里大神的教程学了一些，但是我多肽药物构建不出来了，求各位的帮助。PS，ChemDraw画不了，因为分子量太大了，EasyModeller好像也不行，听说Modeller需要写脚本，我没基础我可能写不了，有其他的能用的软件吗？

川大-灰太狼

你可以试试德国药物设计公司BioSolveIT的PepSee-（目前学术免费）。

PepSee is a software tool for interactive, visual compound prioritization as well as the design of next-generation peptide therapeutics. Peptide design ideally supports a multi-parameter optimization to maximize the likelihood of success. PepSee visualizes the relevant parameters at hand, side by side with the sequence data. Color-coded display stimulates SAR exploration.

The main features of PepSee comprise:

• comfortable sequence & data import (from Excel, FASTA, PLN, Text, even PDF)
• automated as well as manual sequence alignment
• various data coloring and plotting options
• organizing and annotating your compounds
• interactive design of novel peptides
  

下载地址：
https://www.biosolveit.de/PepSee/

PennyL

川大-灰太狼 发表于 2018-4-8 18:23
不客气：）用了可以回来给我反馈下好不好用。呵呵，我好给德国合作伙伴提建议改进，谢谢。 ...

这个软件挺好用的，简单易学，能添加L氨基酸、环化和一些常见的N端修饰，并能进行多序列的比对。但是，可能是我学艺不精，我发现这个软件并不能构建PDB格式文件，我的目的是进行分子对接，所以这个软件可能不太适用，请问大神，还有没有其他的软件推荐一下，再次感谢！

PennyL

川大-灰太狼 发表于 2018-4-10 18:10
yasara view，去官网下载一个吧。可以创建多肽链，保存为pdb格式。

大神，不好意思，问个简单的问题，我安装这个软件的时候提示出现问题，导致程序停止正常工作。
我下载后右键选择以管理员身份运行，它新建一个文件夹，然后提示出错，按照指南将md5sum后，输入命令，显示如图，不知道应该怎么做，请大神帮助

PennyL

川大-灰太狼 发表于 2018-4-8 14:57
你可以试试德国药物设计公司BioSolveIT的PepSee-（目前学术免费）。

好的好的，太感谢您了

川大-灰太狼

PennyL 发表于 2018-4-8 15:10
好的好的，太感谢您了

不客气：）用了可以回来给我反馈下好不好用。呵呵，我好给德国合作伙伴提建议改进，谢谢。

PennyL

请各位帮帮忙，随便说点什么都行

川大-灰太狼

PennyL 发表于 2018-4-10 08:58
请各位帮帮忙，随便说点什么都行

yasara view，去官网下载一个吧。可以创建多肽链，保存为pdb格式。

PennyL

大神，截图在这里

川大-灰太狼

PennyL 发表于 2018-4-12 09:26
大神，截图在这里

你下载的yasara view 是什么版本的呢？windows32 or 64