生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 1036|回复: 22

[其他] 求助,想构建自主设计的多肽药物序列,用什么软件合适

[复制链接]
发表于 2018-4-8 14:34:58 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
多肽序列16-25个氨基酸,有环,有修饰,有L-氨基酸,N端有8-氨基辛酸修饰,希望与靶蛋白计算机模拟结合情况,预测结合我知道可以用dock,也根据吧里大神的教程学了一些,但是我多肽药物构建不出来了,求各位的帮助。PS,ChemDraw画不了,因为分子量太大了,EasyModeller好像也不行,听说Modeller需要写脚本,我没基础我可能写不了,有其他的能用的软件吗?

发表于 2018-4-8 14:57:03 | 显示全部楼层
你可以试试德国药物设计公司BioSolveIT的PepSee-(目前学术免费)。


PepSee is a software tool for interactive, visual compound prioritization as well as the design of next-generation peptide therapeutics. Peptide design ideally supports a multi-parameter optimization to maximize the likelihood of success. PepSee visualizes the relevant parameters at hand, side by side with the sequence data. Color-coded display stimulates SAR exploration.
The main features of PepSee comprise:

  • comfortable sequence & data import (from Excel, FASTA, PLN, Text, even PDF)
  • automated as well as manual sequence alignment
  • various data coloring and plotting options
  • organizing and annotating your compounds
  • interactive design of novel peptides

下载地址:
https://www.biosolveit.de/PepSee/
 楼主| 发表于 2018-4-9 10:21:38 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-4-8 18:23
不客气:)用了可以回来给我反馈下好不好用。呵呵,我好给德国合作伙伴提建议改进,谢谢。 ...

这个软件挺好用的,简单易学,能添加L氨基酸、环化和一些常见的N端修饰,并能进行多序列的比对。但是,可能是我学艺不精,我发现这个软件并不能构建PDB格式文件,我的目的是进行分子对接,所以这个软件可能不太适用,请问大神,还有没有其他的软件推荐一下,再次感谢!
 楼主| 发表于 2018-4-12 09:22:38 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-4-10 18:10
yasara view,去官网下载一个吧。可以创建多肽链,保存为pdb格式。

大神,不好意思,问个简单的问题,我安装这个软件的时候提示出现问题,导致程序停止正常工作。
我下载后右键选择以管理员身份运行,它新建一个文件夹,然后提示出错,按照指南将md5sum后,输入命令,显示如图,不知道应该怎么做,请大神帮助
 楼主| 发表于 2018-4-8 15:10:58 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-4-8 14:57
你可以试试德国药物设计公司BioSolveIT的PepSee-(目前学术免费)。

好的好的,太感谢您了
发表于 2018-4-8 18:23:57 | 显示全部楼层
PennyL 发表于 2018-4-8 15:10
好的好的,太感谢您了

不客气:)用了可以回来给我反馈下好不好用。呵呵,我好给德国合作伙伴提建议改进,谢谢。
 楼主| 发表于 2018-4-10 08:58:14 | 显示全部楼层
请各位帮帮忙,随便说点什么都行
发表于 2018-4-10 18:10:06 | 显示全部楼层
PennyL 发表于 2018-4-10 08:58
请各位帮帮忙,随便说点什么都行

yasara view,去官网下载一个吧。可以创建多肽链,保存为pdb格式。
 楼主| 发表于 2018-4-12 09:26:55 | 显示全部楼层
大神,截图在这里
微信截图_20180412092114.jpg
发表于 2018-4-16 10:43:53 | 显示全部楼层
PennyL 发表于 2018-4-12 09:26
大神,截图在这里

你下载的yasara view 是什么版本的呢?windows32 or 64
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-8-21 17:45 , Processed in 0.182351 second(s), 31 queries .

Powered by Discuz! X3.3

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表