分子对接模拟软件FITTED的一些特点

天理-小新 · 发表于 2013-1-24 21:55:55

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本帖最后由天理-小新于 2013-1-25 12:46 编辑

对接时，活性位点有水分子的情况，特别是在处理以水分子为桥介导配体和活性位点残基形成氢键的时候，比较有用。在对接的时候如果有同一个蛋白在数据库中有多个蛋白文件的时候，我们往往选择pdb复合物中包含的配体文件与我们所对接的分子类似的文件，但是在做虚拟筛选的时候，如果一个蛋白的多个pdb文件中配体的结构相差太大，我们该如何选择呢？特别是对应以单一pdb文件来构建的受体模型，这样会漏筛很多化合物，fitted可以减少这种情况的产生，它的建模是以多个pdb文件为模型的。此外，fitted用GB/SA来评估去溶剂化能，进行共价对接等。
此外fitted操作起来比较简单，只要设置好key参数文件，fitted就能按照你的要求来运行。

墨竹晓风 · 发表于 2013-1-24 22:51:00

期待版主小新写一些教程以及重要体会

ottolzm · 发表于 2013-11-22 22:59:59

期待楼主写写相关的使用心得和体会比如它比autodock的优点使用的教程等等的非常感谢楼主的分享

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