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[AutoDock&Vina] autodock vina对接,氢键和疏水基团比较多的结合物打分却比...

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发表于 2018-3-22 16:41:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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如图,第一个化合物打分最好的一个为 -7.1,第二个化合物打分最好的一个只有 -5.6,但是明显感觉第二个结合得比第一个要好,是怎么回事呢?

DNMT1-triclosan-2D.png
DMNT1-4-chlorocatechol-2D.png
发表于 2018-3-22 22:06:29 | 显示全部楼层
个人认为ligplus与ADT或者其他软件对氢键的判定可能不一样,autodock vina对结果的评分不止氢键疏水,ligplus又不能显示配体与受体之间的排斥作用。
 楼主| 发表于 2018-3-22 23:16:26 | 显示全部楼层
白杨 发表于 2018-3-22 22:06
个人认为ligplus与ADT或者其他软件对氢键的判定可能不一样,autodock vina对结果的评分不止氢键疏水,ligpl ...

那个疏水作用不是表示了受体对配体的作用吗?如果不是用ligplus的话那一般使用什么软件来表示图形?
发表于 2018-3-29 13:00:43 | 显示全部楼层
第一个分子有两个环,所以除了范德华力和氢键外,可能与蛋白之间还有π-π相互作用。可以检查下活性位点附近芳香族氨基酸多不多。
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