autodock vina对接，氢键和疏水基团比较多的结合物打分却比...

lozlang · 发表于 2018-3-22 16:41:51

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如图，第一个化合物打分最好的一个为 -7.1，第二个化合物打分最好的一个只有 -5.6，但是明显感觉第二个结合得比第一个要好，是怎么回事呢？

白杨 · 发表于 2018-3-22 22:06:29

个人认为ligplus与ADT或者其他软件对氢键的判定可能不一样，autodock vina对结果的评分不止氢键疏水，ligplus又不能显示配体与受体之间的排斥作用。

lozlang · 发表于 2018-3-22 23:16:26

白杨发表于 2018-3-22 22:06
个人认为ligplus与ADT或者其他软件对氢键的判定可能不一样，autodock vina对结果的评分不止氢键疏水，ligpl ...

那个疏水作用不是表示了受体对配体的作用吗？如果不是用ligplus的话那一般使用什么软件来表示图形？

墨竹晓风 · 发表于 2018-3-29 13:00:43

第一个分子有两个环，所以除了范德华力和氢键外，可能与蛋白之间还有π-π相互作用。可以检查下活性位点附近芳香族氨基酸多不多。

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[AutoDock&Vina] autodock vina对接，氢键和疏水基团比较多的结合物打分却比...