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[AutoDock&Vina] autodock对接成功后,使用write complex导出结果,最后小分子构型出错!

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发表于 2018-3-11 14:13:40 | 显示全部楼层 |阅读模式

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autodock对接成功后,使用write complex导出结果,最后小分子构型出错!以前同样的操作没有出现过错误,不知道是什么情况,求解答!
发表于 2018-3-22 22:08:15 | 显示全部楼层
楼主能顺便截个图说一下具体是怎样的构型出错吗?
 楼主| 发表于 2018-3-23 17:20:26 | 显示全部楼层
白杨 发表于 2018-3-22 22:08
楼主能顺便截个图说一下具体是怎样的构型出错吗?

[img][/img]
 楼主| 发表于 2018-3-23 17:23:34 | 显示全部楼层
@白杨  如下图
G%SA9J6TQ1]IV53%MUXJ(}3.png
 楼主| 发表于 2018-3-23 17:24:51 | 显示全部楼层
发表于 2018-4-7 23:43:13 | 显示全部楼层

导出complex前结构有出错吗?试试将分子和蛋白分开导出?
 楼主| 发表于 2018-4-8 15:52:34 | 显示全部楼层
在autodock 的Analyze里面看是没有错误。把大分子和蛋白分开导出怎么做?可能教下操作,如果将分子和蛋白分开导出,去取pymol看相互作用呢。
 楼主| 发表于 2018-4-8 15:53:37 | 显示全部楼层
白杨 发表于 2018-4-7 23:43
导出complex前结构有出错吗?试试将分子和蛋白分开导出?


在autodock 的Analyze里面看是没有错误。把大分子和蛋白分开导出怎么做?可能教下操作,如果将分子和蛋白分开导出,怎么去pymol看相互作用呢。
发表于 2018-4-20 20:40:33 | 显示全部楼层
楼主,你的图片是怎样做出来的?求告知
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