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小白一枚刚接触同源模建

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发表于 2017-10-16 13:06:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 1598879010 于 2017-10-16 13:26 编辑

小白一枚刚接触同源模建,想模建的序列是NP-005682.2(NCBI),选用的模板是同源蛋白5TWV(PDB)。序列的一致性有63.2%。用的软件是discovery studio。同源模建中碰到一些问题:一是模板蛋白的TMD 2区域有6个跨膜螺旋,而我想模建的序列在这个区域只有4个跨膜螺旋,我不知道如何控制模建出来的蛋白在这个区域的螺旋数目;二是评价同源模建的RMSD值如何降低。。纯新人一个望大神解答
 楼主| 发表于 2017-10-16 13:07:59 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2017-10-16 13:15:47 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2017-10-16 13:26:57 | 显示全部楼层
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发表于 2017-10-16 13:45:09 | 显示全部楼层
好像没人回复你,,帮顶一下
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