OpenBabel中的obminimize使用问题

清少纳华 · 发表于 2013-1-7 21:20:05

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本人使用命令 obminimize -ff MMFF94 -n 300 filename.mol2 对mol2格式的分子进行能量优化，运行正常，但不知道优化完结果是不是覆盖优化前的源文件，于是查看源文件发现源文件创建时间和修改时间都没变，于是我又将运行结果写到新的文件KZI.mol2，打开得到下面的结果：
COMPND KZI
AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 2.3.0
ATOM    1  O LIG A 1    1.816  -4.281 0.060  1.00  0.00          O
ATOM    2  O LIG A 1    1.765 3.142 0.983  1.00  0.00          O
ATOM    3  O LIG A 1    5.654 0.737  -0.815  1.00  0.00          O
ATOM    4  N LIG A 1    -0.595  -0.785 0.273  1.00  0.00          N
ATOM    5  N LIG A 1    -2.664 0.150 0.295  1.00  0.00          N
ATOM    6  N LIG A 1    -0.066  -5.523  -0.182  1.00  0.00          N
ATOM    7  N LIG A 1    -1.626  -3.376  -0.023  1.00  0.00          N
ATOM    8  N LIG A 1    1.649  -1.594 0.267  1.00  0.00          N
ATOM    9  C LIG A 1    3.781 2.060 0.074  1.00  0.00          C
ATOM    10  C LIG A 1    -4.403 0.330  -1.434  1.00  0.00          C
ATOM    11  C LIG A 1    3.675  -0.344  -0.206  1.00  0.00          C
ATOM    12  C LIG A 1    0.260  -1.836 0.214  1.00  0.00          C
ATOM    13  C LIG A 1    0.592  -4.333  -0.010  1.00  0.00          C
ATOM    14  C LIG A 1    -2.413  -2.275 0.041  1.00  0.00          C
ATOM    15  C LIG A 1    1.792 0.838 0.677  1.00  0.00          C
ATOM    16  C LIG A 1    -0.281  -3.123 0.074  1.00  0.00          C
ATOM    17  C LIG A 1    2.361  -0.378 0.280  1.00  0.00          C
ATOM    18  C LIG A 1    2.480 2.050 0.571  1.00  0.00          C
ATOM    19  C LIG A 1    -4.087 0.331 0.068  1.00  0.00          C
ATOM    20  C LIG A 1    2.358 4.418 0.794  1.00  0.00          C
ATOM    21  C LIG A 1    -1.923  -0.986 0.197  1.00  0.00          C
ATOM    22  C LIG A 1    4.385 0.861  -0.311  1.00  0.00          C
ATOM    23  C LIG A 1    -4.575 1.656 0.742  1.00  0.00          C
ATOM    24  C LIG A 1    -3.914 1.589  -2.148  1.00  0.00          C
ATOM    25  C LIG A 1    -4.465 2.850  -1.493  1.00  0.00          C
ATOM    26  C LIG A 1    6.405 1.935  -0.969  1.00  0.00          C
ATOM    27  C LIG A 1    -4.111 2.911  -0.012  1.00  0.00          C
ATOM    28  N LIG A 1    -4.133 1.777 2.139  1.00  0.00          N
ATOM    29  H LIG A 1    -2.100 0.980 0.453  1.00  0.00          H
ATOM    30  H LIG A 1    0.455  -6.385  -0.250  1.00  0.00          H
ATOM    31  H LIG A 1    -1.079  -5.527  -0.251  1.00  0.00          H
ATOM    32  H LIG A 1    2.215  -2.435 0.139  1.00  0.00          H
ATOM    33  H LIG A 1    4.317 2.994  -0.010  1.00  0.00          H
ATOM    34  H LIG A 1    -3.969  -0.550  -1.923  1.00  0.00          H
ATOM    35  H LIG A 1    -5.490 0.254  -1.563  1.00  0.00          H
ATOM    36  H LIG A 1    4.156  -1.262  -0.535  1.00  0.00          H
ATOM    37  H LIG A 1    -3.476  -2.469  -0.027  1.00  0.00          H
ATOM    38  H LIG A 1    0.788 0.869 1.088  1.00  0.00          H
ATOM    39  H LIG A 1    -4.627  -0.497 0.545  1.00  0.00          H
ATOM    40  H LIG A 1    3.257 4.527 1.410  1.00  0.00          H
ATOM    41  H LIG A 1    2.577 4.602  -0.263  1.00  0.00          H
ATOM    42  H LIG A 1    1.637 5.174 1.120  1.00  0.00          H
ATOM    43  H LIG A 1    -5.673 1.639 0.737  1.00  0.00          H
ATOM    44  H LIG A 1    -2.818 1.619  -2.144  1.00  0.00          H
ATOM    45  H LIG A 1    -4.226 1.557  -3.198  1.00  0.00          H
ATOM    46  H LIG A 1    -4.066 3.734  -2.003  1.00  0.00          H
ATOM    47  H LIG A 1    -5.555 2.879  -1.610  1.00  0.00          H
ATOM    48  H LIG A 1    5.924 2.613  -1.683  1.00  0.00          H
ATOM    49  H LIG A 1    6.567 2.428  -0.004  1.00  0.00          H
ATOM    50  H LIG A 1    7.386 1.668  -1.373  1.00  0.00          H
ATOM    51  H LIG A 1    -4.572 3.805 0.428  1.00  0.00          H
ATOM    52  H LIG A 1    -3.025 3.040 0.089  1.00  0.00          H
ATOM    53  H LIG A 1    -4.652 2.514 2.613  1.00  0.00          H
ATOM    54  H LIG A 1    -4.304 0.907 2.640  1.00  0.00          H
CONECT 1 13
CONECT 2 18 20
CONECT 3 22 26
CONECT 4 12 21
CONECT 5 19 21 29
CONECT 6 13 30 31
CONECT 7 14 16
CONECT 8 12 17 32
CONECT 9 18 22 33
CONECT 10 19 24 34 35
CONECT 10
CONECT 11 17 22 36
CONECT 12 4 8 16
CONECT 13 1 6 16
CONECT 14 7 21 37
CONECT 15 17 18 38
CONECT 16 7 12 13
CONECT 17 8 11 15
CONECT 18 2 9 15
CONECT 19 5 10 23 39
CONECT 19
CONECT 20 2 40 41 42
CONECT 20
CONECT 21 4 5 14
CONECT 22 3 9 11
CONECT 23 19 27 28 43
CONECT 23
CONECT 24 10 25 44 45
CONECT 24
CONECT 25 24 27 46 47
CONECT 25
CONECT 26 3 48 49 50
CONECT 26
CONECT 27 23 25 51 52
CONECT 27
CONECT 28 23 53 54
CONECT 29 5
CONECT 30 6
CONECT 31 6
CONECT 32 8
CONECT 33 9
CONECT 34 10
CONECT 35 10
CONECT 36 11
CONECT 37 14
CONECT 38 15
CONECT 39 19
CONECT 40 20
CONECT 41 20
CONECT 42 20
CONECT 43 23
CONECT 44 24
CONECT 45 24
CONECT 46 25
CONECT 47 25
CONECT 48 26
CONECT 49 26
CONECT 50 26
CONECT 51 27
CONECT 52 27
CONECT 53 28
CONECT 54 28
MASTER       0 0 0 0 0 0 0 0 54 0 54 0
END

但这明显不是mol2格式的文件，请问大神到底如何得到obminimize优化后的mol2文件？

eming · 发表于 2013-1-8 00:11:38

再用babel转一下就ok了

清少纳华 · 发表于 2013-1-8 13:37:08

eming 发表于 2013-1-8 00:11

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再用babel转一下就ok了

再用 babel -imol2 KZI.mol2 -omol2 out.mol2 转换吗？我试过的，转换不了，因为它本身不是mol2文件格式，babel识别不了它。

eming · 发表于 2013-1-10 17:13:04

清少纳华发表于 2013-1-8 13:37

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再用 babel -imol2 KZI.mol2 -omol2 out.mol2 转换吗？我试过的，转换不了，因为它本身不是mol2文件格式 ...

既然是pdb的，为啥imol2啊

清少纳华 · 发表于 2013-1-11 14:58:29

eming 发表于 2013-1-10 17:13

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既然是pdb的，为啥imol2啊

= = 一直不知道，原来obminimize的结果是pdb格式啊，看来要优化一下还挺复杂的，转来转去的。谢谢你eming ！

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