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小白求助同源建模

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发表于 2017-10-8 12:18:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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小白一枚刚接触同源模建,想模建的序列是NP-005682.2(NCBI),选用的模板是同源蛋白5TWV(PDB)。序列的一致性有63.2%。用的软件是discovery studio。同源模建中碰到一些问题:一是模板蛋白的TMD 2区域有6个跨膜螺旋,而我想模建的序列在这个区域只有4个跨膜螺旋,我不知道如何控制模建出来的蛋白在这个区域的螺旋数目;二是评价同源模建的RMSD值如何降低。。纯新人一个望大神解答
发表于 2017-10-20 09:41:08 | 显示全部楼层
一、你目前建出来从模型是6个螺旋吗?如果是可以动力学优化一下2个螺旋会不会散掉(不过用处应该不大)。另外,如果你确定你的目标蛋白只有4个螺旋,可能非螺旋区域那一段序列与5TWV序列一致度不高,这一段结构需要参考其他晶体(使用分段建模)。二、不明白你的意思,是模建对比模型与晶体的RMSD吗

 楼主| 发表于 2017-10-24 08:05:17 | 显示全部楼层
viger87 发表于 2017-10-20 09:41
一、你目前建出来从模型是6个螺旋吗?如果是可以动力学优化一下2个螺旋会不会散掉(不过用处应该不大)。另 ...

谢谢您的回复,因为几天没人回复我就没在意自己的帖子了。现在模建出来是6个螺旋,跑了动力学也没散掉(动力学跑的时间不长),我会尝试一下多模板的。RMSD就像您说的是模建结构与晶体的RMSD。
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