小白求助同源建模

mzmruzaq

小白一枚刚接触同源模建，想模建的序列是NP-005682.2（NCBI），选用的模板是同源蛋白5TWV（PDB）。序列的一致性有63.2%。用的软件是discovery studio。同源模建中碰到一些问题：一是模板蛋白的TMD 2区域有6个跨膜螺旋，而我想模建的序列在这个区域只有4个跨膜螺旋，我不知道如何控制模建出来的蛋白在这个区域的螺旋数目；二是评价同源模建的RMSD值如何降低。。纯新人一个望大神解答

viger87

一、你目前建出来从模型是6个螺旋吗？如果是可以动力学优化一下2个螺旋会不会散掉（不过用处应该不大）。另外，如果你确定你的目标蛋白只有4个螺旋，可能非螺旋区域那一段序列与5TWV序列一致度不高，这一段结构需要参考其他晶体（使用分段建模）。二、不明白你的意思，是模建对比模型与晶体的RMSD吗

mzmruzaq

viger87 发表于 2017-10-20 09:41
一、你目前建出来从模型是6个螺旋吗？如果是可以动力学优化一下2个螺旋会不会散掉（不过用处应该不大）。另 ...

谢谢您的回复，因为几天没人回复我就没在意自己的帖子了。现在模建出来是6个螺旋，跑了动力学也没散掉（动力学跑的时间不长），我会尝试一下多模板的。RMSD就像您说的是模建结构与晶体的RMSD。