同源模建模板蛋白氨基酸数量不符

mzmruzaq · 发表于 2017-10-3 20:40:11

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同源模建中模板蛋白序列在去除无序结构的氨基酸后约1300AA，原来约有1500AA，而我的目标序列也有1500AA，我是否应该去除目标序列中与模板蛋白序列对应的无序结构氨基酸来进行建模？

中国大兵 · 发表于 2017-10-5 08:41:00

你是什么软件同源建模的

mzmruzaq · 发表于 2017-10-7 22:17:53

中国大兵发表于 2017-10-5 08:41
你是什么软件同源建模的

discovery studio

viger87 · 发表于 2017-10-20 09:52:15

mzmruzaq 发表于 2017-10-7 22:17
discovery studio

原则上是要考虑这段无序结构对后续的分析、计算有没有影响，举个极端的例子，比如你的活性位点在这段无序结构上（当然一般活性位点不会出现在无序结构这里），如果删了这段后面就无法做后续的药物作用计算等；再比如这段无序是链接蛋白几个区域的，如果没有这段结构，后面再做MD模拟蛋白结构可能蛋白会变型。
但是，实际操作上，200AA无序，一般都删了吧，要建也很难构建出合理的结构。
话说，现在新手怎么用DS了，都有版权吗，没版权用了DS后面发论文咋办哦

mzmruzaq · 发表于 2017-10-24 08:10:19

viger87 发表于 2017-10-20 09:52
原则上是要考虑这段无序结构对后续的分析、计算有没有影响，举个极端的例子，比如你的活性位点在这段无序 ...

我看了一下结构的确一些无序结构是位于连接几个蛋白区域中的，看来是不能删了。DS是老板的哈哈

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