autodock too many torsion

浙医-中药筛选

各位：
       新年好！
       ubuntu下运行autodock做对接。配体是一个内酯，可选择的torison为33。运行到最后一步时，出现：too many torison。对接跳出结束，显示不成功。
       原因很简单: autodock 设置的torison最大为32。可如何处理呢？我查了一下autodock的论坛，论坛上有建议：
       (1) MGL 成员给出的建议，推荐
        The only advice I can give you is to try to find if there are torsions you can freeze during the docking in order to reduce their total number
       链接 http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=9&t=1938&p=5073&hilit=torsion#p5073
      (2) 更改torsion最大值  通过更改 文件constants.h上的设置值。
           帖子可见 http://mgldev.scripps.edu/pipermail/autodock/2009-January/004969.html
             或小木虫上关于autodock参数设置的帖子  http://emuch.net/html/201205/4421658.html  
      (3)对配体进行跑动力学，得优势构象。
    话说，我选择了第二种方法，准备更改constants.h文件中  #define NLIGTOR      32       /* Max. num. of torsions in each ligand */
    当初我了找constants.h文件花了两天，后来才发现通过ubuntu软件中心安装是编译好的，没有该文件。
     因此，上autodock网页下载源代码，总算是在constants.h修改了最大值。
     现在我的问题是: 将原来的autodock  软件卸载后，用新的autodock软件，软件能运行，出来的结果还是too many torsion.
     这说明修改不成功，网上查了一下，需要重新编译。
     ubuntu不熟悉，编译更不熟，试了两天，很茫然，还是一点门路都没进。前前后后已经花了一周时间了，疲惫了，所以来论坛求教。
     问题: 如何将让修改后constants.h 工作？(更改后的文件如何重新编译，)
     请知道的战友多多指点。越详细越好。
      

253642075

我也遇到此类问题，但是在win下。

253642075

这个帖子很有水准啊。

大工-阿里巴巴

哈哈~筛选哥，正好我最近解决了这个问题。
1.下载4.2.3的源代码！一定是4.2.3，不要下4.2.5的！
2.解压到任何文件夹下，打开Autodock这个子文件夹，修改两个参数，1是constants.h里的max_tree和max_tor,分别改成32和128，保存
随后打开找到autocomm.h文件，修改其中的LINE_LEN 均改为1028，保存。
运行
./configure
make
得到autodock4的binary文件
编译autogrid4
cd /home/xxxx/autogrid (autogrid所在文件夹)
./configure
make
此步得到两个编译好的binary执行文件，分别为autodock4和autogrid4执行文件，至此，编译顺利结束。
随后打开ADT需要输入编译的autodock4和autogrid4的路径，找到这两个文件即可

浙医-中药筛选

大赞阿里兄。严格按照阿里的路线，成功解决问题。
自己对比总结了一下，编译不成功，在于两方面：（1）版本用的是4.2.5 （2）没有对autocomm.h文件修改。
照着葫芦画瓢，也不清楚为什么这么做。也没做进一步深入探讨。
呵呵，再一次感谢阿里兄！{:soso_e183:}

大工-阿里巴巴

浙医-中药筛选 发表于 2013-1-2 15:50

                               
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大赞阿里兄。严格按照阿里的路线，成功解决问题。
自己对比总结了一下，编译不成功，在于两方面：（1）版本 ...

4.2.5的源代码编译貌似在ubuntu较老的版本，比如10.04下会缺失特定的文件(autogrid4)，而autodock可以正常编译，但是你需要下载MGLTools 1.5.6，不能用1.5.4，这样可能可以解决，但是我嫌麻烦~果断的编译了4.2.3了~哈哈

eming

关于autogrid4.2.5的编译
首先google了一下编译
-------------------------------
Makefile.am -- a user input file to automake
configure.in -- a user input file to autoconf

autoconf generates configure from configure.in
automake gererates Makefile.in from Makefile.am

configure generates Makefile from Makefile.in
--------------------------------------------------------------------
本人就尝试着用automake产生了Makefile.in,然后./configure，好了，没有错误。
接着就是make，问题好多。
首先，（惭愧，忘记了是哪个文件了）Makefile文件中要我从已经编译好的autodock的文件夹里拷贝一个文件，然而这个已经编译好的文件夹的名字是不对的，于是我就删了这句话，直接将所需要的文件复制到了autogrid的文件夹中。
再次就是一大堆的cpp文件问题
make[1]: *** No rule to make target `不对的文件名字.cpp', needed by `不对的编译结果.o'.  Stop.
我用不对的文件表示它需要的一堆的文件。
接下来就是将autodock文件夹下这个　不对的文件名字.cc复制到autogrid文件夹下，并且将Makefile中的　不对的文件名字.cpp　替换为　不对的文件名字.cc
当然，这样就不会再出现错误了，于是
./autogrid4 --version

AutoGrid 4.2.5   
Copyright (C) 2009 The Scripps Research Institute.
License GPLv2+: GNU GPL version 2 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

——————————哇，终于编译了————真要命啊！——————
如果需要考虑水的对接，最好将伪原子的参数写进参数文件AD4.1中，
atom_par W      0.00  0.200  17.1573  -0.00251  1.9  5.0  5  -1  -1  2        # Water pseudo-atom
____________
这样看来，作者在更新autodock的时候，并没有将autodogrid更新，也就是说旧版本的autogrid4应该也同样适用于autodock4.2.5
没有试过。
另外作者在更新日记中也提到
=============================================================================
AutoDock Release Notes
Release 4.2.5.1 (December 2012)
=============================================================================
The changes since the 4.2.5 release (11/02/2012):
#bug fix
4.2.5 incorrectly calculated part of the intermolecular desolvation
energy term; 4.2.5.1 corrects this. All 4.2.5 users should upgrade
to 4.2.5.1 and re-do any runs.
——————————————————————————————————
其实4.2.3有一点挺有意思的，就是
"Per-atom Intermolecular Energy Analysis" table
-: now intelec is on by default; off if "intelec off" in DPF
——————————————————————————————

浙医-中药筛选

收获啊！呵呵，感谢eming。能人多多啊！

dejunchem

哈哈，好帖子~~~

pesticide_ccnu

好贴，内容好丰富啊！

xufund

盼着阿里大大写一个详细的4.2.5的编译过程。
按照“不对的文件名字.cc复制到autogrid文件夹下，并且将Makefile中的　不对的文件名字.cpp　替换为　不对的文件名字.cc”试了一下，里面有好多的***.cpp文件，是否都要修改？我改了一部分，结果提示一个print***.tpo文件错误。我在autodock文件夹里也没有找到这个文件啊

xufund

eming 发表于 2013-1-3 07:00

                               
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关于autogrid4.2.5的编译
首先google了一下编译
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新年快乐！能否将您编译autodock4.2.5的过程写详细一些呢？另外您提到“将伪原子的参数写进参数文件AD4.1中”能否说明到底是哪个参数文件？我看到含AD4.1名称的文件有3个，而带parameters的那个文件反倒没有AD4.1。请明示，谢谢！