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[原创] 晶体结构中不同分辨率的含义

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发表于 2012-12-25 23:26:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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解析不同分辨率的蛋白质结构中可能出现的问题(X射线晶体学)
  
  
分辨率(
  
  
结构中可能出现的问题
  
  
>4.0
  
  
单个原子坐标无意义
  
  
3.0 - 4.0
  
  
整体折叠可能是正确的,但很可能有错误存在。很多侧链摆放位置不正确。
  
  
2.5 - 3.0
  
  
整体折叠基本是正确的,除了位于结构表面的一些环状结构可能没有正确建模。长侧链的极性残基(Lys、Glu、Gln等)和小侧链残基(Ser、Val、Thr等)的侧链摆放位置有可能不正确。
  
  
2.0 - 2.5
  
  
与2.5 - 3.0类似,只是出现错误的情况更少。可以明显观察到水分子和小配基。
  
  
1.5 - 2.0
  
  
基本没有错误的侧链摆放位置,甚至一些小的错误也可以被检测到。整体折叠,包括位于结构表面的环状结构,基本不可能出现错误。
  
  
0.5 - 1.5
  
  
在这一分辨率下,一般不会有结构错误。侧链异构体库和立体几何研究都是利用这一分辨率范围内的结构来进行的。
  

评分

参与人数 1金币 +4 收起 理由
西大-song + 4 老张哥来抢帖子了,哈哈哈

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发表于 2012-12-26 07:53:23 | 显示全部楼层
北京-构效兄辛苦了,很给力。呵呵,学习学习了
发表于 2012-12-26 09:55:37 | 显示全部楼层
呵呵,这个应该放到蛋白结构生物学版块才合适啊~{:soso_e120:}
 楼主| 发表于 2012-12-26 10:35:19 | 显示全部楼层
发表于 2013-1-24 11:23:08 | 显示全部楼层
构效哥,问个问题哦。如果研究蛋白的折叠情况是不是分辨率2.5以上的就不能用了。或者什么情况下不用使用
 楼主| 发表于 2013-1-24 17:12:21 | 显示全部楼层
qian430 发表于 2013-1-24 11:23
构效哥,问个问题哦。如果研究蛋白的折叠情况是不是分辨率2.5以上的就不能用了。或者什么情况下不用使用 ...

有高分辨率的 肯定是要用高分辨率的,如果只有2.5埃以上的晶体结构,个人感觉可以直接用,也可以优化后用
发表于 2013-1-30 19:41:24 | 显示全部楼层
恩,前些天老师还让下载PDB文件,让我按分辨率排下,现在终于知道分辨率的意义啦
发表于 2013-1-31 10:53:12 | 显示全部楼层
辛苦了辛苦了收藏收藏
发表于 2013-11-14 13:16:41 | 显示全部楼层
谢谢啊,学到很多啊~~~
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