望高手指点AUTODOCK受体文件和配体文件的准备

xufund

一直想学习AUTODOCK，最近经过钻研，终于在scientific linux里把它安上了。不过经过这几天折腾，发现最大的困难是受体文件和配体文件的准备，这个过程会出现这样或那样的问题。以我个人的经验，最容易出错的就是复合物结构不完整，造成后面加氢不对；还有就是如果里面混有RNA，DNA，也会出问题。我也看了坛子里的教程，对这一部分论述的很少。特别希望坛子里的专家能仔细说说这一部分，帮助我们这些菜鸟。谢谢！

pesticide_ccnu

你需要把你的问题细化一下。我遇到的一个问题就是下载来的PDB文件里面的氨基酸残基名字与实际结构不对应。原来的名字为ARG的残基实际上被解析成了ALA，直接用记事本打开pdb可以看到作者已经告诉我们解析中的问题了。这个时候可以用sybyl里面的biopolymer模块中的structure preparation tool来修整一下蛋白，再优化一下就行了。