别忘了思考

北京-构效

实验太多，软件太多，教程太多，还有多少时间思考？
怎么思考，思考什么？
期待各位朋友分享自己的经验和心得，相互启迪。

雨枫

是呀，每天都是做不完的实验，都成了机器了

川大-灰太狼

呵呵 我非常赞成老先生的教育理念！每天都要留时间给自己思考，中国的名言“学而不思则惘，思而不学则殆”，有异曲同工之妙。

中科院-石头

    如果把科研的几个部分从容易到难排个顺序，可以分为：操作实验（包括有机合成、生物实验、计算模拟）、学习理论（包括阅读文献、书籍）、口头报告（尤其是给他人讲明白新知识）、思考创新（提出自己的观点、解决实际问题）。
    结合这四部分，谈谈个人的体会。操作实验其实最为简单，只要勤奋和细心就能完成所有工作，头脑灵活点的最多效率高点。学习理论中，需要归纳总结记忆等能力，其实是个不断构建自我知识系统的过程，这一点很大程度上依赖于积累。口头报告，相比西方国家的人来说，中国人普遍要差许多，因为，国外教育从小就要求做presentation。在给别人转述的过程，不仅是对已有知识的重新梳理，更是对已有知识重新认识过程。每次文献汇报时，明显发现要准备的东西比要讲的多得多。
    最后着重讲的一点是思考，每天看着群里的讨论，常常想，这些计算模拟过程，是否真的起到实际作用，比如我们做完Docking，是否真对药物分子的设计和改造，起到重要（至少是启示）的作用，还只是马后炮的解释，或是为了计算而计算。再比如同源建模，按我的理解，当某些同源蛋白还未被解析出来，而药物化学家又急需这类蛋白结构来指导分子设计的时候，才催生出来对模拟同源建模的需求，那么，我们在模拟出一个蛋白结构后，是否真的能够有效指导他人的药物设计呢？再比如QSAR，其实，在药物SAR改造过程中，小量的分子，靠人脑来总结QSAR就够了，那么，QSAR真的意义在于总结大量的分子，在操作QASR过程中，我认为最重要是分子的选取，这些分子必须是针对同一靶标的同一口袋，而且活性的表征也必须来自同样的检测手段，比如Kd值，有着不同的检测方法，每个方法的出来的结果都不一样，如果混为一谈，做出来QSAR没有任何实际意义。

川大-灰太狼

中科院-石头 发表于 2012-12-20 11:44

                               
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如果把科研的几个部分从容易到难排个顺序，可以分为：操作实验（包括有机合成、生物实验、计算模拟）、 ...

非常赞同石头的观点。特别是最后的对计算模拟的思考，目前大多数人都是用计算和模拟来做结果的解释，但从实际的需求来讲却并不是这样，为了发现新药我们需要计算来指导我们设计分子的方向。因此我们需要更多的思考如何用模拟的办法来进行预测，而非去重复和解释过去的现象。当然，这是一个极具挑战性的工作，但也非常有意思，比如我个人认为分子对接，有其弊端但也有其优势，在分子与蛋白的结合模式上的分析绝对有其重要的意义。QSAR在总结构效关系中也可以做得很好，关键在于你必须合理的选择同骨架分子，同条件下的实验数据，这些就是key point。

各种不同的算法和软件都有其适应的体系、条件。明白使用软件的同时，更需要明白其原理，设置实验和模拟来验证你的设想，我想这应该是我们把生物实验与模拟结合起来能办到的，也是我们一直鼓励大家去做的。

SYPHU_me

构效提醒的好对哦！
记得一位科学家曾经说过，不能超过三分之一的实在在做实验哈哈！正如你提到的要多读文献、多总结、多思考！
不能让实验牵着大家走，要让大家的思想去牵着它走！

西大-song

构效兄，这是《蛋白质结构预测与设计》那本书的上吧，哈哈哈。每天给自己留时间思考是对的，不过做不到每天都思考至少要隔几天，最长一周思考一次。会获得非常多的东西。

xubin1205

问题是，现有的时间连完成老板交代的任务都很紧，老板还不停push，哪来的时间思考。尽管我知道思考十分重要。

北京-构效

xubin1205 发表于 2013-4-20 22:39

                               
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问题是，现有的时间连完成老板交代的任务都很紧，老板还不停push，哪来的时间思考。尽管我知道思考十分重要 ...

现有的时间连完成老板交代的任务都很紧，老板还不停push，哪来的时间追女孩子呢？

北京-构效

xubin1205 发表于 2013-4-20 22:39

                               
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问题是，现有的时间连完成老板交代的任务都很紧，老板还不停push，哪来的时间思考。尽管我知道思考十分重要 ...

现有的时间连完成老板交代的任务都很紧，老板还不停push，哪来的时间追女孩子呢？