晶体复合物1xpb中的RNA和DNA怎么除去

xufund · 发表于 2012-12-19 20:18:20

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要做分子对接，但复合物结构中含有DNA，RNA不知如何除去，特请教大家。谢谢

川大-灰太狼 · 发表于 2012-12-20 12:02:29

adt中也可以删除。使用pymol或者vmd以及其他可视化工具点选然后就可以删除了。

xufund · 发表于 2012-12-20 21:34:02

楼上的能不能再详细点？RNA，DNA和蛋白有什么区别？怎么识别呢？

小草 · 发表于 2012-12-21 11:08:52

xufund 发表于 2012-12-20 21:34

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楼上的能不能再详细点？RNA，DNA和蛋白有什么区别？怎么识别呢？

它们看起来差别还是很大的，如show cartoon 时蛋白质像意大利面而DNA是明显的双螺旋啊，颜色也不一样。也可以在pdb里直接删，标示不同。另：1xpb里好像没有DNA和RNA？

xufund · 发表于 2012-12-21 19:23:05

sorry!不是1xpb，是1xbp.
我在ADT左边栏里选中这些残基，为什么在图里没有相应变化呢

小草 · 发表于 2012-12-21 20:27:29

xufund 发表于 2012-12-21 19:23

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sorry!不是1xpb，是1xbp.
我在ADT左边栏里选中这些残基，为什么在图里没有相应变化呢 ...

额。。可能是版本不同，我不知道你说的左边栏里是什么。。
如果选择后没变化可能是因为你没载入select这个Command。。

xufund · 发表于 2012-12-21 22:13:03

我用的版本是1.5.6rc3
请看附件里的截图。这个就是1xbp.

小草 · 发表于 2012-12-22 08:55:39

xufund 发表于 2012-12-21 22:13

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我用的版本是1.5.6rc3
请看附件里的截图。这个就是1xbp.

：）点sel的框框使其被选中，选中的部分会被用黄点表示

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