请教怎样将血红素设为柔性残基

河外生命 · 发表于 2017-7-22 18:18:47

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

请教各位大神，细胞色素P450酶催化的反应，血红素铁离子是催化的活性中心，请问怎样在autodock里将血红素设为柔性残基，试过很多次，软件总是报错。

多谢指教！

laoman · 发表于 2017-7-24 19:20:15

血红素在P450活性口袋中的位置是保守的，为什么要设置成柔性残基。。？

河外生命 · 发表于 2017-7-26 14:56:16

laoman 发表于 2017-7-24 19:20
血红素在P450活性口袋中的位置是保守的，为什么要设置成柔性残基。。？

血红素的铁离子是催化的活性中心。
我试过不设定柔性残基进行对接，发现结果不可靠。晶体结构里有小分子配体的，对接出来的构象与原来的小分子构象重合。

河外生命 · 发表于 2017-8-17 16:59:35

viger87 发表于 2017-8-16 15:09
如果是配位的话应该是比较好对的，不用设置HEM部分柔性。
你说的“晶体结构里有小分子配体的，对接出来的 ...

删除了，对接出来的分子与原来分子的位置是重合的

宁子 · 发表于 2017-8-21 17:10:31

您好，我用autodock做对接时，血红素铁离子显示电荷为零，导致最终结果显示配体小分子未与铁离子作用，铁离子不存在，我试了几种方法都显示warning。想请问您是怎么解决的，十分感谢！

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[AutoDock&Vina] 请教怎样将血红素设为柔性残基