Ubuntu下运行ledock出问题

小米嘉

本人首先在win8下安装ledock。但是不知什么原因程序老无端终止。根据论坛里的帖子指示安装LeDock运行出错的微软官方补丁。估计是由于64位系统的原因补丁安装失败。不得不在Ubuntu下安装ledock。但是在运行ledock时出错了，恳请各位老师高手的指教。
以下是我的运行命令：

yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ ls -al
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu 243567 6月  18 15:51 idanwei.pdb
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu   4424 6月  18 16:04 t.mol2
yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ lepro idanwei.pdb
yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ ls -al
-rw-rw-r--  1 yuzhu yuzhu    142 6月  18 19:09 dock.in
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu 243567 6月  18 15:51 idanwei.pdb
-rw-rw-r--  1 yuzhu yuzhu 323019 6月  18 19:09 pro.pdb
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu   4424 6月  18 16:04 t.mol2
yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ ledock dock.in
---Cannot find the ligands list file---
不知道什么原因出现---Cannot find the ligands list file---的情况。mol2文件已经在当下目录里了，我也是刚接触linux，分子对接实在是找不出原因，恳请各位老师高手的帮助。

eming

不知道原因是不对的。首先，要阅读ledock的说明书；
2. cannot find the ligands list file，说明找不到含有小分子的列表文件： 打开dock.in会发现有ligands这个列表文件，这个列表文件的绝对路径或者工作目录下要有，ls *.mol2>ligands可以生成；
3. 直接用lepro生成的dock.in不一定能够正确找到合适的pocket信息，你要打开dock.in 看看

小米嘉

eming 发表于 2017-6-22 07:49
不知道原因是不对的。首先，要阅读ledock的说明书；
2. cannot find the ligands list file，说明找不到含 ...

好的谢谢您的指导，我按照您说的方法检查一下。

1026966355

你好，我的也是windows8 64位，ledock运行40%就无法运行了，请问你的问题解决了吗

小米嘉

1026966355 发表于 2017-7-7 11:28
你好，我的也是windows8 64位，ledock运行40%就无法运行了，请问你的问题解决了吗 ...

我也是你这问题，因为解决不了已放弃。只好使用Linux系统咯。建议你使用Linux系统吧，win8下太心累了。

1026966355

我的好了，安装一个windows的补丁