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[其他] Ubuntu下运行ledock出问题

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发表于 2017-6-18 19:18:02 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 小米嘉 于 2017-6-18 19:58 编辑

本人首先在win8下安装ledock。但是不知什么原因程序老无端终止。根据论坛里的帖子指示安装LeDock运行出错的微软官方补丁。估计是由于64位系统的原因补丁安装失败。不得不在Ubuntu下安装ledock。但是在运行ledock时出错了,恳请各位老师高手的指教。
以下是我的运行命令:

yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ ls -al
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu 243567 6月  18 15:51 idanwei.pdb
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu   4424 6月  18 16:04 t.mol2
yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ lepro idanwei.pdb
yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ ls -al
-rw-rw-r--  1 yuzhu yuzhu    142 6月  18 19:09 dock.in
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu 243567 6月  18 15:51 idanwei.pdb
-rw-rw-r--  1 yuzhu yuzhu 323019 6月  18 19:09 pro.pdb
-rw-r--r--  1 yuzhu yuzhu   4424 6月  18 16:04 t.mol2
yuzhu@yuzhu-Lenovo-G410:~/a$ ledock dock.in
---Cannot find the ligands list file---
不知道什么原因出现---Cannot find the ligands list file---的情况。mol2文件已经在当下目录里了,我也是刚接触linux,分子对接实在是找不出原因,恳请各位老师高手的帮助。

发表于 2017-6-22 07:49:50 | 显示全部楼层
不知道原因是不对的。首先,要阅读ledock的说明书;
2. cannot find the ligands list file,说明找不到含有小分子的列表文件: 打开dock.in会发现有ligands这个列表文件,这个列表文件的绝对路径或者工作目录下要有,ls *.mol2>ligands可以生成;
3. 直接用lepro生成的dock.in不一定能够正确找到合适的pocket信息,你要打开dock.in 看看
 楼主| 发表于 2017-6-23 09:16:46 | 显示全部楼层
eming 发表于 2017-6-22 07:49
不知道原因是不对的。首先,要阅读ledock的说明书;
2. cannot find the ligands list file,说明找不到含 ...

好的谢谢您的指导,我按照您说的方法检查一下。
发表于 2017-7-7 11:28:23 | 显示全部楼层
你好,我的也是windows8 64位,ledock运行40%就无法运行了,请问你的问题解决了吗
 楼主| 发表于 2017-7-7 16:29:58 | 显示全部楼层
1026966355 发表于 2017-7-7 11:28
你好,我的也是windows8 64位,ledock运行40%就无法运行了,请问你的问题解决了吗 ...

我也是你这问题,因为解决不了已放弃。只好使用Linux系统咯。建议你使用Linux系统吧,win8下太心累了。
发表于 2017-7-13 10:08:25 | 显示全部楼层
我的好了,安装一个windows的补丁
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