根据下面的文献报道，能否同源建模？

北京-构效

刚刚开始接触同源建模，请教一下根据下面的数据能否同源建模：
1.Here, we report the crystal structure of a peptidetransporter from the bacterium Shewanella oneidensis,PepTSo, which shows a high degree of sequence conservationwithin the TM region (-30% identity) to the mammalianPepT1 and PepT2 proteins.

2.PepTSo has two additional TM helices, HA and HB, which are inserted into the cytoplasmic loop connecting the N- and C-terminal bundles. These form a hairpinlikestructure in the membrane that packs against the peripheryof the protein.Their role is currently
unclear. The apparent absence of these helices in the fungal,plant and metazoan protein sequences, however, suggests they do not contribute to any conserved transport mechanism.

文献中讲到仅仅是TM区域有30%的保守性，而且多了两个helices HA和HB，但是对药物作用通道没有影响，这样的结构能够同源建模吗？

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能做出来吗？

大工-阿里巴巴

这样的结构很难~构效兄可以利用BLAST搜索一下PDB数据库，看看有没有具有更高相似性的结构？

大工-阿里巴巴

这样的结构很难~构效兄可以利用BLAST搜索一下PDB数据库，看看有没有具有更高相似性的结构？

北京-构效

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-17 20:50

                               
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这样的结构很难~构效兄可以利用BLAST搜索一下PDB数据库，看看有没有具有更高相似性的结构？ ...

没有更高相似性的了  已经是最好的晶体结构了

北京-构效

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-17 20:50

                               
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这样的结构很难~构效兄可以利用BLAST搜索一下PDB数据库，看看有没有具有更高相似性的结构？ ...

这个结构难在什么地方呢

西大-song

构效兄，原则上说一致性大于30%就可以进行同源建模，你是要对文章中提到的这个PepTSo进行建模吗？还是你的序列跟这个PepTSo的一致性很高，要以PepTSo为模板来建你的模型？阿里说比较难的意思是一致性太低，而且有特殊的结构，利用建模完全模拟出他的结构是比较难的。

北京-构效

西大-song 发表于 2012-12-19 00:00

                               
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构效兄，原则上说一致性大于30%就可以进行同源建模，你是要对文章中提到的这个PepTSo进行建模吗？还是你的 ...

我是要以以PepTSo为模板构建模型

西大-song

药师，我从那段话里理解的是作者已经得到了PepTSo的晶体结构了，只是作者发现PepTSo的TM区与哺乳动物的那两个有30%的一致性，你以PepTSo为模板的建模的话，只用关心你的序列和PepTSo的一致性就可以了，你的序列和PepTSo的一致性有多高？

北京-构效

西大-song 发表于 2012-12-19 11:09

                               
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药师，我从那段话里理解的是作者已经得到了PepTSo的晶体结构了，只是作者发现PepTSo的TM区与哺乳动物的那两 ...

如果算上其他区域的  就不到30%了

北京-构效

已经得到了几个想关晶体  但是一致性的区域都不同，我能不能把一致性的拼接起来  去做建模呢