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[Discovery Studio] DS无法加载蛋白质结构,求助

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发表于 2017-3-27 22:56:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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1.本人初学DS 2.5版本,跟着教程学习时,无法加载蛋白质结构具体如下图。浏览了论坛里面的一些回复,比如换PDB location的网址,三个都不行,所以再次求助各位“前辈”,还望大神们多多指导,不胜感激! 1.jpg

2.如果不行,直接到PDB网站去下载下来结构后,如何导入到DS中进行下一步分析呢?
发表于 2017-3-28 16:48:47 | 显示全部楼层
下载PDB,直接拖入DS就可。。。或者,世界上所有的应用软件不都大差不差的在左上角有个新建/打开选项么。。。
 楼主| 发表于 2017-3-28 17:23:19 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2017-3-28 16:48
下载PDB,直接拖入DS就可。。。或者,世界上所有的应用软件不都大差不差的在左上角有个新建/打开选项么。。 ...

感谢您的回复!
主要是我最开始打开后,结构无法被下一步的操作识别,所以我就以为有特殊的方式放进去呢,后来才知道是操作错了,尴尬啦,哈哈哈
谢谢!
初学还望多多指教!
请教您个问题,融合蛋白重链轻链的位置不同,会影响其与表面抗原的结合么?用DS进行预测分子结合位点准确率大概能有多少呢?您了解么?
发表于 2017-3-28 19:22:11 | 显示全部楼层
fmp 发表于 2017-3-28 17:23
感谢您的回复!
主要是我最开始打开后,结构无法被下一步的操作识别,所以我就以为有特殊的方式放进去呢 ...

融合蛋白重链轻链的位置不同,会影响其与表面抗原的结合么?
没做过融合这种,不了解。
用DS进行预测分子结合位点准确率大概能有多少呢?
我个人观点(同时结合一些相关的文献)为:在使用与共晶中内源性小分子结构相似的小分子做对接时可靠性强,结构变化越大,可靠性越低。对于结合位点的模拟,尤其是全新的蛋白,我个人观点是,不怎么靠谱,可以用来凑数据,提出一种可能的模型(同时需要分子动力学进行对接前/对接后验证),而不要过于相信。
-----如果不是太阳就在那里,我们很容易证明它根本就不存在。
对于活性位点的预测我觉得就是属于,本来不存在的,我们很容易证明它是存在的。
 楼主| 发表于 2017-3-29 10:52:50 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2017-3-28 19:22
融合蛋白重链轻链的位置不同,会影响其与表面抗原的结合么?
没做过融合这种,不了解。
用DS进行预测分子 ...

哈哈哈,您的回复即形象真切又幽默!
谢谢您的指导!
很高兴认识您!
发表于 2017-4-9 21:03:10 | 显示全部楼层
fmp 发表于 2017-3-28 17:23
感谢您的回复!
主要是我最开始打开后,结构无法被下一步的操作识别,所以我就以为有特殊的方式放进去呢 ...

您好,我也是刚学这个,加载结构时也出现了这个窗口,请问您是怎么解决的呢?
发表于 2017-6-21 17:23:05 | 显示全部楼层
你好 我现在也遇到了这个问题 请问你是怎么解决的呢 谢谢!!
发表于 2017-6-21 17:26:21 | 显示全部楼层
qq7070 发表于 2017-4-9 21:03
您好,我也是刚学这个,加载结构时也出现了这个窗口,请问您是怎么解决的呢?
...

请问一下你解决这个问题了吗?能否赐教一下,谢谢!!
发表于 2017-6-21 18:54:31 | 显示全部楼层
你好,可以发我一份DS的教程吗?谢谢!1622305452@qq.com
发表于 2017-9-25 11:33:26 | 显示全部楼层
你好,请问这个问题是怎么解决的,我呀遇到了这个问题?
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