DS无法加载蛋白质结构，求助

fmp · 发表于 2017-3-27 22:56:12

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1.本人初学DS 2.5版本，跟着教程学习时，无法加载蛋白质结构具体如下图。浏览了论坛里面的一些回复，比如换PDB location的网址，三个都不行，所以再次求助各位“前辈”，还望大神们多多指导，不胜感激！

2.如果不行，直接到PDB网站去下载下来结构后，如何导入到DS中进行下一步分析呢？

wangpengfei · 发表于 2017-3-28 16:48:47

下载PDB，直接拖入DS就可。。。或者，世界上所有的应用软件不都大差不差的在左上角有个新建/打开选项么。。。

fmp · 发表于 2017-3-28 17:23:19

wangpengfei 发表于 2017-3-28 16:48
下载PDB，直接拖入DS就可。。。或者，世界上所有的应用软件不都大差不差的在左上角有个新建/打开选项么。。 ...

感谢您的回复！
主要是我最开始打开后，结构无法被下一步的操作识别，所以我就以为有特殊的方式放进去呢，后来才知道是操作错了，尴尬啦，哈哈哈
谢谢！
初学还望多多指教！
请教您个问题，融合蛋白重链轻链的位置不同，会影响其与表面抗原的结合么？用DS进行预测分子结合位点准确率大概能有多少呢？您了解么？

wangpengfei · 发表于 2017-3-28 19:22:11

fmp 发表于 2017-3-28 17:23
感谢您的回复！
主要是我最开始打开后，结构无法被下一步的操作识别，所以我就以为有特殊的方式放进去呢 ...

融合蛋白重链轻链的位置不同，会影响其与表面抗原的结合么？
没做过融合这种，不了解。
用DS进行预测分子结合位点准确率大概能有多少呢？
我个人观点（同时结合一些相关的文献）为：在使用与共晶中内源性小分子结构相似的小分子做对接时可靠性强，结构变化越大，可靠性越低。对于结合位点的模拟，尤其是全新的蛋白，我个人观点是，不怎么靠谱，可以用来凑数据，提出一种可能的模型（同时需要分子动力学进行对接前/对接后验证），而不要过于相信。
-----如果不是太阳就在那里，我们很容易证明它根本就不存在。
对于活性位点的预测我觉得就是属于，本来不存在的，我们很容易证明它是存在的。

fmp · 发表于 2017-3-29 10:52:50

wangpengfei 发表于 2017-3-28 19:22
融合蛋白重链轻链的位置不同，会影响其与表面抗原的结合么？
没做过融合这种，不了解。
用DS进行预测分子 ...

哈哈哈，您的回复即形象真切又幽默！
谢谢您的指导！
很高兴认识您！

qq7070 · 发表于 2017-4-9 21:03:10

fmp 发表于 2017-3-28 17:23
感谢您的回复！
主要是我最开始打开后，结构无法被下一步的操作识别，所以我就以为有特殊的方式放进去呢 ...

您好，我也是刚学这个，加载结构时也出现了这个窗口，请问您是怎么解决的呢？

loveminmin1023 · 发表于 2017-6-21 17:23:05

你好我现在也遇到了这个问题请问你是怎么解决的呢谢谢！！

loveminmin1023 · 发表于 2017-6-21 17:26:21

qq7070 发表于 2017-4-9 21:03
您好，我也是刚学这个，加载结构时也出现了这个窗口，请问您是怎么解决的呢？
...

请问一下你解决这个问题了吗？能否赐教一下，谢谢！！

my_destiny · 发表于 2017-6-21 18:54:31

你好，可以发我一份DS的教程吗？谢谢！1622305452@qq.com

汤锐 · 发表于 2017-9-25 11:33:26

你好，请问这个问题是怎么解决的，我呀遇到了这个问题？

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