ledock关于蛋白含有DNA的怎么对接

许青良

@fireflying，我们在做ledock时，发现如果蛋白里含有DNA的时候，运行lepro时，生成的pro.pdb文件里DNA被删除，影响对接结果
如果只有DNA时，直接运行lepro时，出来的boxer会把整个DNA包括在内，而且dok的结果为0
请问这种有DNA的怎么做dock？

puzhongji

lepro目前不支持对DNA结构的处理。可以用VMD处理受体结构。大致步骤如下：
1. VMD打开受体结构（去除水分子及配体）
2. Extension ---> Modelling ---> Automatic PSF builder
3. 加载CHARMM的DNA拓扑文件（蛋白默认已经加载）
4. 点击 ‘I'm feeling lucky' 生成目标PDB文件以及PSF文件
5. 根据需要将生成的PDB以及PSF文件重命名
6. 设置好对接参数文件，譬如结合口袋，可以用PyMol插件或者VMD插件设置结合口袋。
7. 运行ledock：[color=Blue] ledock dock.in -psf
* -psf参数将读取PSF文件里面的蛋白与DNA拓扑结构以及分电荷信息