PyRx虚拟筛选

玄泷 · 发表于 2017-3-3 09:40:58

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文献报道受体蛋白有三个结合位点，而且不同结合位点的化合物类型均有报道。小白想用PyRx软件对这三个结合位点各自进行虚拟筛选，首先对软件的可靠性进行分析，就是把文献报道的所有晶体复合物中的配体构建一个小分子库，但结果都不是预期得到的，不晓得是不是软件使用方法不对，现将操作过程列出，请论坛大神赐教：
PyRx中用的是Vina Wizard模块，在windows操作环境下
1. strat
2. selectmolecules
         Ligand有71个（pdbqt文件），Macromolecule是处理好的受体蛋白（pdbqt文件）运行Forward
3. Run Vina
         vina search space为默认参数（此处参数与在Autodock 中Grid操作不一致，包括center和盒子的大小，在PyRx中没法手动修改盒子的大小与Grid一致）运行Run Vina
4. Analyze Result
      结果分析中，不同位点得不到与晶体结构中相同配体所在的位置，且只筛选处理4个配体。
不知道我所列的过程是否为虚拟筛选的正常步骤，感觉没有用到分子对接方法呀。还请论坛的大神帮忙指导一下，谢谢！

wx_OGGGwAgg · 发表于 2017-10-13 08:55:02

您好，请问你那有pyrs软件及教程么，如有请发一份，不胜感激

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[AutoDock&Vina] PyRx虚拟筛选

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