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[AutoDock&Vina] autodock配体分子对接不成功?

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发表于 2016-12-15 00:34:48 | 显示全部楼层 |阅读模式

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新人求助各位大神:win7下按照论坛内教程操作,autodock运行后的结果如图。配体完全没有和活性位点对接上,求问可能是什么原因导致的?先在这里谢过大家啦~

1111.png
发表于 2017-5-10 14:42:20 | 显示全部楼层
哈哈哈哈哈,这也太远了吧!!!!
好替你着急
那个把grid(盒子)大小调一下,最起码要把反应区域包进去吧
发表于 2018-6-27 19:27:04 | 显示全部楼层
您好,想请教您一下,用Autodock软件做分子模拟时,配体是要自己画吗?还是可以在http://www.rcsb.org/ligand/IND 网站上下载啊?
发表于 2018-7-2 17:24:12 | 显示全部楼层
孔伐伐_CK244 发表于 2018-6-27 19:27
您好,想请教您一下,用Autodock软件做分子模拟时,配体是要自己画吗?还是可以在http://www.rcsb.org/liga ...

可以下载直接使用,我估计你的对接活性位点没有定义好,或者如楼上所说,对接的盒子太小,没有包住分子。
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