autodock配体分子对接不成功？

hanchan_cs · 发表于 2016-12-15 00:34:48

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新人求助各位大神：win7下按照论坛内教程操作，autodock运行后的结果如图。配体完全没有和活性位点对接上，求问可能是什么原因导致的？先在这里谢过大家啦~

4.13萌新 · 发表于 2017-5-10 14:42:20

哈哈哈哈哈，这也太远了吧！！！！
好替你着急
那个把grid（盒子）大小调一下，最起码要把反应区域包进去吧

孔伐伐_CK244 · 发表于 2018-6-27 19:27:04

您好，想请教您一下，用Autodock软件做分子模拟时，配体是要自己画吗？还是可以在http://www.rcsb.org/ligand/IND 网站上下载啊？

川大-灰太狼 · 发表于 2018-7-2 17:24:12

孔伐伐_CK244 发表于 2018-6-27 19:27
您好，想请教您一下，用Autodock软件做分子模拟时，配体是要自己画吗？还是可以在http://www.rcsb.org/liga ...

可以下载直接使用，我估计你的对接活性位点没有定义好，或者如楼上所说，对接的盒子太小，没有包住分子。

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[AutoDock&Vina] autodock配体分子对接不成功？