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[其他] 用ledock进行晶体配体自对接,对接结果偏差大

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发表于 2016-12-10 17:29:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 年华 于 2016-12-10 17:31 编辑

各位高手,小白有些问题想请教。
1.用ledock进行晶体配体自对接,查看对接的结果,发现分子三个分支的分布和晶体内结果差距很大,请问各位高手,这是什么原因呢?   选用的box为【2.74 20.43 15.21 34.01 35.41 62.58】,应该是包住活性中心了的。我也做了些盒子的调整。但还是没有理想效果。
2.对接结果聚类很差,这是会和什么原因相关呢?
3.看了论坛上关于leodck的相关教程,没有发现ledock有很多可调整设置的参数,那么像我这样遇到这种难题的,应该怎么处理呢?
4.看了lewater的说明书,但是还有些困惑,比如其输入文件是手动写的么?还是有生成软件的?大家有其他教程么?

小白金币也不多,先谢过大家了~

plc.rar

394.21 KB, 下载次数: 0

配体分子-对接结果-蛋白结构

发表于 2017-7-8 16:18:17 | 显示全部楼层

回帖奖励 +1 金币

请问您的问题解决了吗?
发表于 2017-7-14 08:59:54 | 显示全部楼层
应该还是盒子的原因,也有可能晶体自带的小分子对对接效果的影响
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