关于ligplot的PDB格式问题

bioqiuqiu123

最近需要分析分子对接的结果，所以在学习ligplot, 安装应该是没问题了，但是在运行中出现了问题（如图），C:\Users\CY\Desktop\QQ图片20161121174039.png论坛里有人出现过类似的问题，说用写字板编辑一下PDB的格式（如图）C:\Users\CY\Desktop\QQ图片20161121204846.png，但是我不知道这个数字如何确定，各种试，发现如果该数字，配体分子很可能会被拆散，所以请教大家，有没有同样用过autodock对接后，ligplot分析结果的？谢谢。

bioqiuqiu123

bioqiuqiu123

这是我的PDB文件。

墨竹晓风

bioqiuqiu123 发表于 2016-11-25 14:43
这是我的PDB文件。

原始文件的ligand命名太乱。用discovery studio重新对ligand进行命名即可，见附件。

bioqiuqiu123

墨竹晓风 发表于 2016-11-26 15:07
原始文件的ligand命名太乱。用discovery studio重新对ligand进行命名即可，见附件。 ...

啊啊，太感谢师兄啦，这下我就知道该怎么做了，

墨竹晓风

bioqiuqiu123 发表于 2016-11-28 08:27
啊啊，太感谢师兄啦，这下我就知道该怎么做了，

不客气

bioqiuqiu123

墨竹晓风 发表于 2016-11-29 10:45
不客气

师兄，我能不能再厚脸皮的想你请教一下，我所做的蛋白没有晶体结构，所以只能用同源建摸，建模以后不是需要优化么，都大概需要进行哪些优化呢？另外，我能不能更厚脸皮的问你要一个DS，自己下不下来

bioqiuqiu123

bioqiuqiu123 发表于 2016-11-28 08:27
啊啊，太感谢师兄啦，这下我就知道该怎么做了，

师兄，我又又又来打扰你了，最近一直在学习各种新软件，还是很多疑问，DS和DS Visualizer是一个软件吗？如果是的话，那我最近对接的结果配体名称还是很乱，好不容易下载下来了DSV， 试了半天，想按照师兄给的信息改名称，但怎么也找不到哪里可以改。如果这两个不是一个软件的话，为什么我自始至终都下不下来DS？迫切需要师兄再帮我解答一下，有朝一日你来武汉，我必感谢