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[Ligplot] 关于ligplot的PDB格式问题

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发表于 2016-11-21 20:48:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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最近需要分析分子对接的结果,所以在学习ligplot, 安装应该是没问题了,但是在运行中出现了问题(如图),C:\Users\CY\Desktop\QQ图片20161121174039.png论坛里有人出现过类似的问题,说用写字板编辑一下PDB的格式(如图)C:\Users\CY\Desktop\QQ图片20161121204846.png,但是我不知道这个数字如何确定,各种试,发现如果该数字,配体分子很可能会被拆散,所以请教大家,有没有同样用过autodock对接后,ligplot分析结果的?谢谢。
 楼主| 发表于 2016-11-21 20:50:09 | 显示全部楼层
QQ图片20161121174039.png QQ图片20161121204846.png
 楼主| 发表于 2016-11-25 14:43:54 | 显示全部楼层
这是我的PDB文件。

fnm-zaor2.rar

55.9 KB, 下载次数: 6

发表于 2016-11-26 15:07:10 | 显示全部楼层

原始文件的ligand命名太乱。用discovery studio重新对ligand进行命名即可,见附件。

fnm-zaor2-LIGPLUS.zip

103.17 KB, 下载次数: 13

 楼主| 发表于 2016-11-28 08:27:39 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2016-11-26 15:07
原始文件的ligand命名太乱。用discovery studio重新对ligand进行命名即可,见附件。 ...

啊啊,太感谢师兄啦,这下我就知道该怎么做了,
发表于 2016-11-29 10:45:17 | 显示全部楼层
bioqiuqiu123 发表于 2016-11-28 08:27
啊啊,太感谢师兄啦,这下我就知道该怎么做了,

不客气
 楼主| 发表于 2016-12-15 19:26:50 | 显示全部楼层

师兄,我能不能再厚脸皮的想你请教一下,我所做的蛋白没有晶体结构,所以只能用同源建摸,建模以后不是需要优化么,都大概需要进行哪些优化呢?另外,我能不能更厚脸皮的问你要一个DS,自己下不下来
 楼主| 发表于 2016-12-22 20:09:17 | 显示全部楼层
bioqiuqiu123 发表于 2016-11-28 08:27
啊啊,太感谢师兄啦,这下我就知道该怎么做了,

师兄,我又又又来打扰你了,最近一直在学习各种新软件,还是很多疑问,DS和DS Visualizer是一个软件吗?如果是的话,那我最近对接的结果配体名称还是很乱,好不容易下载下来了DSV, 试了半天,想按照师兄给的信息改名称,但怎么也找不到哪里可以改。如果这两个不是一个软件的话,为什么我自始至终都下不下来DS?迫切需要师兄再帮我解答一下,有朝一日你来武汉,我必感谢
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