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[AutoDock&Vina] 新手求大神指导两个问题

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发表于 2016-10-22 10:05:19 | 显示全部楼层 |阅读模式

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1、Grid →Grid Box… 打开Grid Options对话框,将格子的大小设置为X, Y, Z: 40, 40, 40,我看了两个教程,这个格子大小的设置都不一样,也没说为什么设这么大,这是什么意思?
2、然后将格子中心设为-7.320, 22.766, 16.938( x, y, z)。 设置这个格子中心的参数的依据是什么?看了几个教程,这个参数是怎么的出来的?
 楼主| 发表于 2016-10-22 10:06:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 胜哥的歌 于 2016-10-22 10:08 编辑

C:\Users\Administrator\Desktop

格子设置

格子设置
发表于 2016-10-22 11:41:08 | 显示全部楼层
虽没用过这个软件,但是格子一般根据要涵盖你的活性口袋,会依据具体情况调整,或者搞个常用的大小确保涵盖整个活性口袋。至于位置,就是你的活性口袋的中心位置。如果晶体有内源性配体,可以以这个内源性配体为格子的空间中心。
 楼主| 发表于 2016-10-22 20:03:50 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-10-22 11:41
虽没用过这个软件,但是格子一般根据要涵盖你的活性口袋,会依据具体情况调整,或者搞个常用的大小确保涵盖 ...

那请问,如果没有内源性配体的话,这个活性中心的坐标要怎么找到?
发表于 2016-10-24 09:45:47 | 显示全部楼层
胜哥的歌 发表于 2016-10-22 20:03
那请问,如果没有内源性配体的话,这个活性中心的坐标要怎么找到?

比较难。对新手来说,看文献别人定的是哪,最简单。或者自己找下活性口袋的中心,比较近似即可,格子覆盖口袋就好
 楼主| 发表于 2016-10-30 17:18:57 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-10-24 09:45
比较难。对新手来说,看文献别人定的是哪,最简单。或者自己找下活性口袋的中心,比较近似即可,格子覆盖 ...

请问找活性口袋中心的方法,或者有推荐的帖子吗?非常感谢
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