新手求大神指导两个问题

胜哥的歌 · 发表于 2016-10-22 10:05:19

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1、Grid →Grid Box… 打开Grid Options对话框，将格子的大小设置为X， Y， Z： 40， 40， 40，我看了两个教程，这个格子大小的设置都不一样，也没说为什么设这么大，这是什么意思？
2、然后将格子中心设为-7.320， 22.766， 16.938（ x， y， z）。设置这个格子中心的参数的依据是什么？看了几个教程，这个参数是怎么的出来的？

胜哥的歌 · 发表于 2016-10-22 10:06:10

本帖最后由胜哥的歌于 2016-10-22 10:08 编辑

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wangpengfei · 发表于 2016-10-22 11:41:08

虽没用过这个软件，但是格子一般根据要涵盖你的活性口袋，会依据具体情况调整，或者搞个常用的大小确保涵盖整个活性口袋。至于位置，就是你的活性口袋的中心位置。如果晶体有内源性配体，可以以这个内源性配体为格子的空间中心。

胜哥的歌 · 发表于 2016-10-22 20:03:50

wangpengfei 发表于 2016-10-22 11:41
虽没用过这个软件，但是格子一般根据要涵盖你的活性口袋，会依据具体情况调整，或者搞个常用的大小确保涵盖 ...

那请问，如果没有内源性配体的话，这个活性中心的坐标要怎么找到？

wangpengfei · 发表于 2016-10-24 09:45:47

胜哥的歌发表于 2016-10-22 20:03
那请问，如果没有内源性配体的话，这个活性中心的坐标要怎么找到？

比较难。对新手来说，看文献别人定的是哪，最简单。或者自己找下活性口袋的中心，比较近似即可，格子覆盖口袋就好

胜哥的歌 · 发表于 2016-10-30 17:18:57

wangpengfei 发表于 2016-10-24 09:45
比较难。对新手来说，看文献别人定的是哪，最简单。或者自己找下活性口袋的中心，比较近似即可，格子覆盖 ...

请问找活性口袋中心的方法，或者有推荐的帖子吗？非常感谢

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