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[AutoDock&Vina] 有关autodocktools 的parameter library-急求

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发表于 2016-10-7 17:53:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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急求各位大神帮忙解决下问题,我做的是含有Pt的配体与蛋白之间的docking,在run autogrid 时出现问题如下:
C:/Users/Administrator/Desktop/cisplatin/autogrid4.exe: ERROR:  unknown ligand atom type Pt
add parameters for it to the parameter library first!
我不知道parameter library在哪里,参数又是如何设置?感谢大家,急求答案。谢谢~!
发表于 2016-11-13 20:49:36 | 显示全部楼层
你是哪个课题组的,是郭子建老师那里的吗?我这有金属原子的参数,可以发给你
发表于 2017-10-21 10:50:59 | 显示全部楼层
温柔一刀5901 发表于 2016-11-13 20:49
你是哪个课题组的,是郭子建老师那里的吗?我这有金属原子的参数,可以发给你 ...

可不可以教我改下金属原子的数据,我酶里面有金属原子不能识别,需要改数据,我不知道怎么操作,也没有原子数据。能否帮我下
发表于 2017-10-23 09:29:13 | 显示全部楼层
花生花灭 发表于 2017-10-21 10:50
可不可以教我改下金属原子的数据,我酶里面有金属原子不能识别,需要改数据,我不知道怎么操作,也没有原 ...

Pt的参数:
atom_par Pt 2.75 0.080 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 1 # Non H-bonding
使用方法可以参考:
http://bioms.org/forum.php?mod=v ... 4%E5%AF%B9%E6%8E%A5
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