询问autodock中的autogrid中遇到的问题

冰凝草 · 发表于 2016-9-17 16:56:06

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请教各位大神，我按照说明书对蛋白进行前期处理以后，每次进行autogrid时候就显示错误，包括后面的docking也是同样的问题，不知道问题出现在哪里，谢谢！具体问题见附件的截图！

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-18 09:22:47

一般这样的报错是前面准备蛋白的时候没有赋予蛋白 ADT原子类型。请仔细看看教程再做。

冰凝草 · 发表于 2016-9-19 10:28:43

川大-灰太狼发表于 2016-9-18 09:22
一般这样的报错是前面准备蛋白的时候没有赋予蛋白 ADT原子类型。请仔细看看教程再做。 ...

我重新试了下，按照教程步骤对蛋白进行加氢等处理的时候，会报错，说是结构无可用于对接的结构，这是什么原因呢？是我建模的结果有问题么？谢谢！

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-20 20:55:15

冰凝草发表于 2016-9-19 10:28
我重新试了下，按照教程步骤对蛋白进行加氢等处理的时候，会报错，说是结构无可用于对接的结构，这是什么 ...

蛋白加氢前赋予了蛋白ADT原子类型吗？

尚12131 · 发表于 2016-9-21 15:30:47

川大-灰太狼发表于 2016-9-20 20:55
蛋白加氢前赋予了蛋白ADT原子类型吗？

为什么我保存pdbqt格式就开始出错

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