如何评价两种不同蛋白的口袋相似性（pocket similarity）

guod111 · 发表于 2016-8-30 09:29:25

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如题，求教如何评价两种不同蛋白的活性位点口袋相似性，用什么方法以及什么软件可以实现，还请各位不吝赐教，谢谢！PS：目前我知道的就只有一个FragVLib，好像是直接得到分子片段的

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-2 11:01:59

呵呵，最直观的就是眼睛比较。用pymol叠加活性位点，注意几种常见的作用力，我觉得就行了。只是你要用计算的办法去比较，我也就不清楚了：）

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