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[AutoDock&Vina] 做hsg1教程,准备柔性残基文件

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发表于 2016-8-23 17:46:06 | 显示全部楼层 |阅读模式

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做hsg1教程,准备柔性残基文件时候,怎么显示出像教程中(如图1)自己选中的柔性残基呀?然后再到Choose Torsions in Currently Selected Residues这一步的时候,为什么会出现如图2中的情况啊?另外,我再问一个比较白痴的问题,前面第一步准备蛋白的时候,为什么要先加上所有的水,再删掉呢?(如图3)请各位大侠赐教

图1

图1
图2.png

图3

图3
发表于 2016-8-23 19:41:27 | 显示全部楼层
图2的问题是你选择了所有的氨基酸残基,请注意选择你想柔性的残基即可。图3的问题,不是让你先添加水,而是先要选择已有的水分子,再删除掉。这个其实不是那么合理,如果水分子在活性位点处,与小分子和蛋白形成了间接氢键的应该保留。只是autodock本身没有考虑这种情况,在LeadIT中的FlexX中是可以选择有用的水分子的。
 楼主| 发表于 2016-8-24 09:20:54 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-8-23 19:41
图2的问题是你选择了所有的氨基酸残基,请注意选择你想柔性的残基即可。图3的问题,不是让你先添加水,而是 ...

好的,我明白了!我想再问个问题行吗?就是我按教程选择了ARG8这个残基,但是在图形界面中我看不到这两个残基,所以我选择不出来。然后界面的下端的selected 也没有显示已选择两个残基。这个该怎么操作呀?
 楼主| 发表于 2016-8-24 16:21:26 | 显示全部楼层
j加速度123 发表于 2016-8-24 09:20
好的,我明白了!我想再问个问题行吗?就是我按教程选择了ARG8这个残基,但是在图形界面中我看不到这两个 ...

我今天再做了下教程,出现图中这个问题,是不是我安装的途径有问题呀?万分感激!
QQ截图20160824161952.png
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