Ledock对接疑问

17110209 · 发表于 2016-8-11 17:09:41

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我的受体是细菌细胞壁成分脂多糖LPS，并不是蛋白质，配体是一种抗菌蛋白，利用openBabel生成的mol2文件，盒子并不是Ledock自动默认的，是我利用Pymol里的Autodock插件的“Ledock box”生成盒子的尺寸，对接结果的“.dok”文件利用Pymol打开，里面好多构象是配体插入到受体里面去的，不应该是距离很近但并不接触那种结果吗？可这种插入里面去的结果代表啥意思？是不是Ledock只能对接蛋白-蛋白，不能对接非蛋白受体吗？求大神解释，谢谢！

17110209 · 发表于 2016-8-11 17:33:08

难道是我的盒子尺寸太大了？70*80*80的，不过这个是参考文献里来的

fireflying · 发表于 2016-8-12 04:34:54

LeDock主要用于小分子与蛋白的对接。

你可以把LPS作为配体，抗菌蛋白质作为受体。结合位点的设置要有一定的依据。如果你打算保留LPS初始构象不变的话，可以试试全刚性对接。把LPS的Mol2文件里面所有可旋转单键修改成“am”即可。

17110209 · 发表于 2016-8-12 08:18:52

fireflying 发表于 2016-8-12 04:34
LeDock主要用于小分子与蛋白的对接。

你可以把LPS作为配体，抗菌蛋白质作为受体。结合位点的设置要有一定 ...

非常感谢赵老师的回复，LPS作为受体是根据文献来定的，还有，mol2文件的可旋转键是默认设置的吗？是不是可以打开mol2进行自定义?谢谢！

fireflying · 发表于 2016-8-12 21:29:50

17110209 发表于 2016-8-12 08:18
非常感谢赵老师的回复，LPS作为受体是根据文献来定的，还有，mol2文件的可旋转键是默认设置的吗？是不是可 ...

可旋转键可以自己定义。文本方式打开，然后修改需要修改的可旋转键。

17110209 · 发表于 2016-8-15 10:30:19

fireflying 发表于 2016-8-12 21:29
可旋转键可以自己定义。文本方式打开，然后修改需要修改的可旋转键。

好的，谢谢赵老师！

1026966355 · 发表于 2017-7-7 11:48:08

你好，我是win8，64位运行ledock老是对接到40%，就程序错误，请求解答

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