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[AutoDock&Vina] autodock对接处理

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发表于 2016-7-20 11:06:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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新人求赐教:请问autodock对接时会删水加氢,原因是什么呢??不删水的话可以么,对结果有影响么?
发表于 2016-7-20 21:21:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 数据挖掘 于 2016-8-24 22:09 编辑

默认是刚性对接,如果你不删除水分子,水分子占据的位置配体是无法靠近的,所以需要删除水分子。
另外在软件本身可能也没有考虑水的参数。晶体解析的时候H是解析不出来的,而氢键又是非常重要的,所以设计软件的时候考虑了H的贡献。
 楼主| 发表于 2016-7-25 09:34:58 | 显示全部楼层
数据挖掘 发表于 2016-7-20 21:21
默认是刚性对接,不删除水分子,水分子占据的位置配体是无法靠近的。另外在软件本身可能也没有考虑水的参数 ...

谢谢讲解。。那我做的是半柔性对接,得删水吧?而且我看好几个版本autodock的教程按流程都是要删水的。。还有,刚性对接为什么不删水啊?
发表于 2016-9-28 09:21:36 | 显示全部楼层
数据挖掘 发表于 2016-7-20 21:21
默认是刚性对接,如果你不删除水分子,水分子占据的位置配体是无法靠近的,所以需要删除水分子。
另外在软 ...

你好,那vina对接的时候配体的准备文件,pdbqt文件需要加氢吗,就是sdf或mol2格式的分子转为pdbqt格式的分子需要加氢吗
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