生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 8170|回复: 0

[Gaussian] 请教高斯计算结合能的问题

[复制链接]
发表于 2016-7-10 15:50:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
请教各位大神,我想计算血红素上下两个片段分别对血红素的结合能贡献(ΔE),故我首先定义了三个片段,分别为片段1(红),片段2(绿)和片段3(蓝)见附件图片,在关键词加入counterpoise=3计算。现在计算结束了,但是我看不懂结果文件中各能量项的意义,我搜过百度和小木虫,都说还有全基组下的单体能量,我在结果文件中就找不到这个,所以没办法计算两个片段分别对HEME的结合能。

Counterpoise corrected energy =   -1760.904052702683 (这个我知道应该是体系经过BSSE校正后的总能量)
                   BSSE energy =       0.017740877260
               sum of monomers =   -1760.839482246357 (所有三个片段的能量之和?)
           complexation energy =     -51.65 kcal/mole (raw) (这个是两个片段对HEME总的配位能吗?绝对能量还是能量变化值ΔE?)
           complexation energy =     -40.52 kcal/mole (corrected) (这个是经过BSSE校正后两个片段对HEME总的配位能吗?如果是的话我想知道一个咪唑片段对HEME的结合能的话应该如何计算?这个值是绝对能量还是能量变化?)

另外,如果我想分别计算蛋白配体复合物中,蛋白活性位点附近的所有氨基酸残基对其中结合的小分子结合能贡献,比如十个残基一个小分子,是不是就得定义11个片段,然后再计算BSSE校正的结合能?


您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-12-25 14:33 , Processed in 0.092302 second(s), 19 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表