生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 4424|回复: 2

[Rosetta] 小白关于Rosetta 蛋白质对接的结构前期优化问题

[复制链接]
发表于 2016-6-29 18:31:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
才接触rosetta, 想用它来做一些蛋白质对接的工作。然后就照网上的教程走:
https://www.rosettacommons.org/d ... ein-Protein-Docking

对接前需要对结构进行优化:
https://www.rosettacommons.org/d ... cture-by-refinement
照着上面说的弄:
[img]C:\Users\Administrator\Desktop\7JS_14}6FDISOO4RS$T@DFE.png[/img]
然后优化就出现了问题:
[xmpu215@xmpu215 JYY]$ /home/xmpu215/JYY/Rosetta/main/source/bin/score_jd2.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags
ERROR: Illegal value for integer option -out:nstruct specified: 2

意思似乎是说输出结构数的值有错,但是这个值应该是整型啊??!
有玩过的亲们麻烦指点一下
 楼主| 发表于 2016-6-29 18:36:43 | 显示全部楼层
网上的教程,图片没弄上来,补充下内容:
To demonstrate how to run the relax executable on an input structure, run the following command in your terminal:

$>../../../main/source/bin/score_jd2.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _crystal @crystal_score_flags

and note the score in the score_crystal.sc file. Now, run

$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags
where the contents of the general_relax_flags file are expanded below:

-nstruct 2
-relax:default_repeats 5
-out:path:pdb ./tutorial_output
-out:path:score ./expected_output
 楼主| 发表于 2016-7-4 10:36:40 | 显示全部楼层
自问自答,发邮件联系了rosetta团队的一个人,原因很简单:general_relax_flags的内容不能从网上直接copy and paste,因为会有一些特殊字符在里面而我们看不到这些, 所以全部手敲问题就解决了。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-3-29 02:01 , Processed in 0.053606 second(s), 20 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表