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[Schrodinger] 分子对接的时候,复合物中的分子配体选择不上

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发表于 2016-6-26 15:55:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大神好,本人在做分子对接的时候,蛋白已经准备完事,在receptor grid generation中,pick to identify ligand中,无法选择复合物中的分子配体,这就导致了我无法定义活性位点的大小和位置,尝试了很多次都无法解决,不知道怎么办了,求各位大神帮忙解答,先谢过了!
新建位图图像.jpg
发表于 2017-8-4 09:30:25 | 显示全部楼层
雨冰共舞 发表于 2017-8-2 16:30
大神  薛定谔这个分子对接怎么做啊

薛定谔有一个tutorial选项,你点进去后对应着学一下就ok了
发表于 2016-7-28 17:44:45 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-6-26 19:54
按L键  然后鼠标点选配体的某一个原子  就行了

你好,我是一个学生,想做一个受体蛋白和激素小分子化合物结构的对接预测。蛋白从PDB中下载,小分子从chemspider中找的,使用autodock4,可是怎么也加入不进去,已经快两个星期了。对这个我实在不太懂,所以想请教你,看到你给别人回复的很。所以麻烦了,感激不尽!
 楼主| 发表于 2016-7-16 23:33:07 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-6-28 15:39
动脑子想想  这个可不该问了啊

谢谢,之前出去了一趟,才回来,不好意思,回复晚了,我本来想把硫键删掉的,但是后来我直接以化合物周围的关键氨基酸残基为中心建的box,不知道对不对
发表于 2016-6-26 19:54:37 | 显示全部楼层
按L键  然后鼠标点选配体的某一个原子  就行了
 楼主| 发表于 2016-6-26 23:01:19 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-6-26 19:54
按L键  然后鼠标点选配体的某一个原子  就行了

还是不行呢,附件是我准备好的蛋白,麻烦帮我看一下是什么问题,我的总是选不上,先谢谢了!

3ikapre2.zip

368.42 KB, 下载次数: 4

发表于 2016-6-27 15:10:57 | 显示全部楼层
mike1127 发表于 2016-6-26 23:01
还是不行呢,附件是我准备好的蛋白,麻烦帮我看一下是什么问题,我的总是选不上,先谢谢了!
...

好的  我看一下
发表于 2016-6-27 15:19:19 | 显示全部楼层

我只想发个抠鼻的表情并告诉你  你的配体和受体中间连上了  看见那个黄色键没有?
 楼主| 发表于 2016-6-27 23:08:12 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-6-27 15:19
我只想发个抠鼻的表情并告诉你  你的配体和受体中间连上了  看见那个黄色键没有? ...

汗。。。。。,这个咋解决?
发表于 2016-6-28 15:39:17 | 显示全部楼层
动脑子想想  这个可不该问了啊
发表于 2016-7-18 22:45:20 | 显示全部楼层
mike1127 发表于 2016-7-16 23:33
谢谢,之前出去了一趟,才回来,不好意思,回复晚了,我本来想把硫键删掉的,但是后来我直接以化合物周 ...

可以的。。。。。。。。。凑10字符
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