分子对接的时候，复合物中的分子配体选择不上

mike1127 · 发表于 2016-6-26 15:55:26

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大神好，本人在做分子对接的时候，蛋白已经准备完事，在receptor grid generation中，pick to identify ligand中，无法选择复合物中的分子配体，这就导致了我无法定义活性位点的大小和位置，尝试了很多次都无法解决，不知道怎么办了，求各位大神帮忙解答，先谢过了！

wangpengfei · 发表于 2017-8-4 09:30:25

雨冰共舞发表于 2017-8-2 16:30
大神薛定谔这个分子对接怎么做啊

薛定谔有一个tutorial选项，你点进去后对应着学一下就ok了

时光检索 · 发表于 2016-7-28 17:44:45

wangpengfei 发表于 2016-6-26 19:54
按L键然后鼠标点选配体的某一个原子就行了

你好，我是一个学生，想做一个受体蛋白和激素小分子化合物结构的对接预测。蛋白从PDB中下载，小分子从chemspider中找的，使用autodock4，可是怎么也加入不进去，已经快两个星期了。对这个我实在不太懂，所以想请教你，看到你给别人回复的很。所以麻烦了，感激不尽！

mike1127 · 发表于 2016-7-16 23:33:07

wangpengfei 发表于 2016-6-28 15:39
动脑子想想这个可不该问了啊

谢谢，之前出去了一趟，才回来，不好意思，回复晚了，我本来想把硫键删掉的，但是后来我直接以化合物周围的关键氨基酸残基为中心建的box，不知道对不对

wangpengfei · 发表于 2016-6-26 19:54:37

按L键然后鼠标点选配体的某一个原子就行了

mike1127 · 发表于 2016-6-26 23:01:19

wangpengfei 发表于 2016-6-26 19:54
按L键然后鼠标点选配体的某一个原子就行了

还是不行呢，附件是我准备好的蛋白，麻烦帮我看一下是什么问题，我的总是选不上，先谢谢了！

wangpengfei · 发表于 2016-6-27 15:10:57

mike1127 发表于 2016-6-26 23:01
还是不行呢，附件是我准备好的蛋白，麻烦帮我看一下是什么问题，我的总是选不上，先谢谢了！
...

好的我看一下

wangpengfei · 发表于 2016-6-27 15:19:19

wangpengfei 发表于 2016-6-27 15:10
好的我看一下

我只想发个抠鼻的表情并告诉你你的配体和受体中间连上了看见那个黄色键没有？

mike1127 · 发表于 2016-6-27 23:08:12

wangpengfei 发表于 2016-6-27 15:19
我只想发个抠鼻的表情并告诉你你的配体和受体中间连上了看见那个黄色键没有？ ...

汗。。。。。，这个咋解决？

wangpengfei · 发表于 2016-6-28 15:39:17

动脑子想想这个可不该问了啊

wangpengfei · 发表于 2016-7-18 22:45:20

mike1127 发表于 2016-7-16 23:33
谢谢，之前出去了一趟，才回来，不好意思，回复晚了，我本来想把硫键删掉的，但是后来我直接以化合物周 ...

可以的。。。。。。。。。凑10字符

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