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[Chimera] 用chimera将带有水盒子的pdb文件转换成prmtop文件,发生原子类型分配错误

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发表于 2016-5-28 16:07:47 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    本人尝试用UCSF chimera 1.10.1 version 试图将在Gromacs下已经加了水盒子之后的solv.pdb文件转换成prmtop格式,导入pdb文件正常,转换的时候我用的是amber99SB力场,到最后一步提示错误:50 atoms did not get GAFF atom-type assignments。重复了几次都是这样的!reply log文件截图如下面显示,发现基本都是Ile残基上甲基碳和甲基上碳原子出错!在我的体系里面不可以直接删掉这些原子!!!请问各位大神们,有什么办法可以解决问题呢???急急急~~~拜托各位了!C:\Users\Administrator\Desktop
 楼主| 发表于 2016-5-28 16:09:10 | 显示全部楼层
reply log文件截图如下面显示:
QQ图片20160528110354.png
发表于 2016-5-31 13:25:48 | 显示全部楼层
原子类型出错,最方便的方法就是出错的原子删除掉,用chimera重新加H等。
麻烦的做法是找到amber99SB力场对应的原子类型,手动一个个修改。
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