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[AutoDock&Vina] AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错误

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发表于 2016-5-12 17:15:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

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如题,AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错误。
传不上图,只好复制一下了,错误是这样的:

IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "I:\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "I:\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "I:\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "I:\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "I:\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "I:\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "I:\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "I:\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
ValueError: dimensions too large.

dlg文件的结果都是有的,10个构象都可以查看,Info也能查看,结合能也都是负数,Cluster都能分析,就是Show Interaction出错了。
要怎么解决呢?我的对接结果是否 可靠呢?
如果binding energy、Ki都可信的话,我用得到的构象输出pdb在pymol或其它可视化软件里分析作用力,这样可以吗?
 楼主| 发表于 2016-5-12 17:47:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 莉莉安的向日葵 于 2016-5-12 17:49 编辑

完了,刚才用ADT打开了一个教程里的dlg结果文件,是可以show interaction的,看来我是对接过程中出了什么问题,是不是我的对接结果也不可信了啊/(ㄒoㄒ)/~~
不过有没有可能是我的蛋白质分子太大了?一万八千多个原子,蛋白质大小会影响show interaction的使用吗?
发表于 2018-2-6 17:07:53 | 显示全部楼层
您好,请问问题解决了吗?我遇到了完全相同的问题,如果有解决方法麻烦告知!!谢谢啦!!
发表于 2018-4-16 09:49:42 来自手机 | 显示全部楼层
请问你解决这个问题了吗?
来自: 微社区
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