求助关于蛋白质三级结构预测和图像化处理

蘑菇头123

请各位高手支招，不胜感激！！^_^
最近在学习通过同源建模预测蛋白质三维结构，使用modeller和easymodeller4.0生成了模型。模型优化后，DOPE值的分布和拉氏图分别如图1和图2。根据图1如何判断蛋白的活性位点？是在单峰那里么？已知该类蛋白的结构域和理论上的活性位点，和这个模型的活性位点不一致，是不是表示这个模型不好？

据说，黑色的方块要有90%以上在蓝色区域内才能算好的模型。单纯看这个图，如何知道具体的比例？从这个图的分布看来，我的模型是不是不大好？尽管这已经是经优化后的模型了。。。
从以上两幅图看来，这个模型究竟是否可用、可信？
另外，我用RasMol软件进行图形化，但是只能得到图3这种图形

如何能得到图4这样的图形并知晓蛋白的活性位点区域，进而将这个位点用不同颜色突出显示出来？