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[其他] 用openbabel将pdbqt转为pdb文件

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发表于 2016-4-25 17:55:47 | 显示全部楼层 |阅读模式

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为了便于输入到Gromacs里我想把autodock得到的PDBQT文件转为PDB文件,两者输入openbabel后显示“0 molecular is converted",不知是哪里出了问题,网上也找不到好的openbabel的使用手册,希望有资料的前辈也能推荐一下。
发表于 2016-4-26 03:52:41 | 显示全部楼层
因为命令错误的原因。
 楼主| 发表于 2016-4-26 09:45:56 | 显示全部楼层
borinboy 发表于 2016-4-26 03:52
因为命令错误的原因。

您好,我用的是windows版本的,是个可视化的操作界面,我只设定了输入和输出文件,其他的都没有设,请问还要设置其他的选项吗?
发表于 2016-4-28 10:54:23 | 显示全部楼层
楼主 你的问题解决了吗    求教
 楼主| 发表于 2016-4-30 15:45:15 | 显示全部楼层
103036313 发表于 2016-4-28 10:54
楼主 你的问题解决了吗    求教

还没有,打算另找方法了
发表于 2016-5-9 13:05:56 | 显示全部楼层
tjpugu 发表于 2016-4-26 09:45
您好,我用的是windows版本的,是个可视化的操作界面,我只设定了输入和输出文件,其他的都没有设,请问 ...

我是用命令来进行操作的,你进入命令提示符,输入命令来进行转化。先进入你文件所在路径,然后输入命令,babel -ipdbqt *.pdbqt -opdb -O 输出路径。有一些格式转换的操作,比如-m是把转换的文件变成单个的文件,-h是加氢等等,网上有obabal的操作命令的,你可以找一下。
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