求助大神！使用autodock分子对接的问题

cygwin · 发表于 2016-4-19 11:56:29

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本帖最后由 cygwin 于 2016-4-19 21:23 编辑

刚开始接触autodock，下载安装完毕之后，打开autodock后read molecule后会闪退，不知道是什么问题，但是如果将分子文件直接拖入autodock图标后不会闪退。
另外我做的课题是“羟丙基-B-环糊精与叶黄素的分子模拟研究”，请各位大神帮忙看看这个用autodock该怎么下手？准备ligand时打开分子还会出错导致打不开，如图

更新：另外羟丙基-B-环糊精应该不是大分子吧，不需要准备大分子，在运行autogrid的时候又出现了另一个error

erbazhiren · 发表于 2016-4-19 15:17:22

其他的我不知道，但是不能有中文，要全英文

川大-灰太狼 · 发表于 2016-4-19 16:18:21

楼上的坛友说得非常对，就是存在中文路径！autodock一定要英文路径，且没有空格。

cygwin · 发表于 2016-4-19 20:53:22

川大-灰太狼发表于 2016-4-19 16:18
楼上的坛友说得非常对，就是存在中文路径！autodock一定要英文路径，且没有空格。 ...

谢谢您！想问一下对接羟丙基环糊精的时候需要准备柔性残基吗？还是这个分子没有呢

川大-灰太狼 · 发表于 2016-4-26 20:13:55

cygwin 发表于 2016-4-19 20:53
谢谢您！想问一下对接羟丙基环糊精的时候需要准备柔性残基吗？还是这个分子没有呢 ...

柔性残基仅仅限于蛋白质的氨基酸，羟丙基环糊精的链是不能做为柔性残基的。

cygwin · 发表于 2016-4-28 09:45:46

川大-灰太狼发表于 2016-4-26 20:13
柔性残基仅仅限于蛋白质的氨基酸，羟丙基环糊精的链是不能做为柔性残基的。 ...

再请教一下您，怎么设置autogrid参数呢？

cygwin · 发表于 2016-4-28 09:50:54

川大-灰太狼发表于 2016-4-26 20:13
柔性残基仅仅限于蛋白质的氨基酸，羟丙基环糊精的链是不能做为柔性残基的。 ...

我设置的grid参数之后为什么在保存成gpf文件时显示让我选择一个大分子呢？（“you must choose a macromolecule before writing gpf”）

mslrk13518530 · 发表于 2016-4-28 22:10:21

cygwin 发表于 2016-4-28 09:50
我设置的grid参数之后为什么在保存成gpf文件时显示让我选择一个大分子呢？（“you must choose a macromo ...

可能是你在生成gpf前没有选择受体

cygwin · 发表于 2016-4-28 22:17:11

mslrk13518530 发表于 2016-4-28 22:10
可能是你在生成gpf前没有选择受体

怎么选择受体呢？

川大-灰太狼 · 发表于 2016-4-29 09:23:35

cygwin 发表于 2016-4-28 22:17
怎么选择受体呢？

和做一般的蛋白-小分子对接的流程一样，自己看看论坛上的操作帖就对了。

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