生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 5168|回复: 4

[AutoDock&Vina] 请问大家如何分析Autodock结果

[复制链接]
发表于 2016-4-10 21:39:25 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
本帖最后由 cyk123 于 2016-4-12 17:26 编辑

得到的对接的结果,不晓得要怎么分析,RMSD怎么看啊?得到的构象是一个分子的多个构象吗?
发表于 2016-4-13 16:03:09 | 显示全部楼层
Autodock的结果主要是看的打分和分子与蛋白的作用模式,如果有晶体中的配体,可以比较对接构象和晶体中配体的RMSD来看对接的准确性,但是结果文件中返回的RMSD值是指的对接得到的多种构象之间的RMSD,没有多大的意义。

评分

参与人数 1金币 +3 收起 理由
川大-灰太狼 + 3 很给力!

查看全部评分

 楼主| 发表于 2016-4-15 12:08:24 | 显示全部楼层
明白啦,谢谢。。如果没有用RMSD来确认对接成功与否,那怎么来确定我这个分子是成功对接呢?
发表于 2016-4-17 17:32:37 | 显示全部楼层
cyk123 发表于 2016-4-15 12:08
明白啦,谢谢。。如果没有用RMSD来确认对接成功与否,那怎么来确定我这个分子是成功对接呢? ...

一般使用参照已有晶体中的配体分子与蛋白的结合模式,来对自己对接的分子是否具有类似的结合模式来判断。
 楼主| 发表于 2016-4-18 21:11:58 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-17 17:32
一般使用参照已有晶体中的配体分子与蛋白的结合模式,来对自己对接的分子是否具有类似的结合模式来判断。 ...

恩,谢谢你的回复,我想继续一下,那怎么去判断原配体对接是否成功啊?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-3-28 16:58 , Processed in 0.083184 second(s), 20 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表