vina结果里的affinty、rmsd等值的意义

zxc1984

请假一个问题，vina对接结果里有三栏数据，比如下面这个：
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.5      0.000      0.000
   2         -4.3      2.621      4.926
   3         -4.2      4.127      9.490
   4         -4.1      2.849      8.758
   5         -4.1      3.540      8.724
   6         -4.1      5.495     11.552
   7         -4.0      2.733      8.041
   8         -3.9      4.474      8.500
   9         -3.9      2.050      6.553


一般经验性认为affinity的值要多少才表明结合得比较好？是否排第一的结合模式是最好的呢？
另外，dist from rmsd和best mode rmsd分别有什么意义呢？

谢谢指教！

lrf1980

对接软件的打分函数给出来的一个参数。这个参数是希望用来表征配体与蛋白质口袋的结合强弱。可以认为一定程度上是为了类比delta G。
rmsd:root-mean-square deviation, 在vina里用于表明各个对接位置之间的差异。因为是以第一个位置作为参照，所以第一个位置的rmsd是0.
通常选用一个对接软件，及确定参数设置，需要做一步方法检验。常用的方法就是你对一些晶体结构中的配体用你的对接软件和参数方法做
对接，如果你对接出来的位置跟晶体结构中配体的位置的rmsd在2A范围内，基本认为你的对接软件及方法有一定的可靠性。希望有帮助
怎么确定这个affinity多大合适，完全与取决于你的体系和你想实现的目标。不同的体系都是不一样。从delta G的角度看，只要delta G小于零，
反应都是自发进行。但是作为一个药物设计，当然不能仅仅能结合就够。通常来说，绝对值越高越高。当然最后还是那句话，出发前，先要
知道自己的目的和参照，才能知道自己是否达到目标。

晴海11

我也想问，这些是什么意思

xufund

同问

xufund

lrf1980 发表于 2016-4-28 12:34
对接软件的打分函数给出来的一个参数。这个参数是希望用来表征配体与蛋白质口袋的结合强弱。可以认为一定程 ...

谢谢！那dist from rmsd和best mode rmsd分别表示什么意义？有没有办法通过分析对接结果排除一些假阳性化合物？

zxc1984

lrf1980 发表于 2016-4-28 12:34
对接软件的打分函数给出来的一个参数。这个参数是希望用来表征配体与蛋白质口袋的结合强弱。可以认为一定程 ...

非常感谢！！

wzh_1995

lrf1980 发表于 2016-4-28 12:34
对接软件的打分函数给出来的一个参数。这个参数是希望用来表征配体与蛋白质口袋的结合强弱。可以认为一定程 ...

“对接出来的位置跟晶体结构中配体的位置的rmsd在2A范围内，基本认为你的对接软件及方法有一定的可靠性”这里的rmsd怎么计算，使用什么程序计算