Discovery studio无法下载PDB文件的问题解决

江大-大牙兔

最近发现DS Client无法直接下载pdb文件。症状如下：1. 从File--open URL 打开时，提示“download of 'http://www.rscb.org/pdb/files/xxxx.pdb'failed. please check URL is valid.”2. 同源建模时，"Load selected structures" ，则提示"cannot retrieve structure for 'http://www.rscb.org/pdb/files/xxxx.pdb'"

上述问题存在与DS的各个版本中，经分析发现，是PDB网站提供的数据库下载地址发生了变化。解决方法如下：

通过菜单栏Edit/Preferences，修改下DS默认下载路径(URL Location)。

将“Default PDB Structures” 的URL Template 由“http://www.rscb.org/pdb/files/@.pdb” 修改为“http://files.rcsb.org/download/@.pdb”

江大-大牙兔

是的，我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的，因许久没有使用DS2.5，忽略了版本间的差异。重装了DS2.5，然后找到了解决方案，仍是通过菜单栏Edit/Preferences，修改下DS默认下载路径(Files Explorer——PDB Location)， 在web site处的下拉列表中，选择ftp.wwpdb.org（见附件）即可。
多尝试一下，应该能找到解决方案的。

freddychen

按照你提示说的做了，将web site: "www.rcsb.org"修改为"ftp.wwpdb.org"，第一个问题解决了，能直接从File-Open URL下载pdb文件，但是依然不能执行"load selected structure"是怎么回事？求解答

半里格

楼主，你好！请教个问题，按照各种攻略上说明如：点击Tools|Small Molecules，展开菜单中的Prepare or Filter Ligands一栏“
可是我的新版本中根本没有Prepare or Filter Ligands这一栏啊，好多都是这样子的，如何破？请大神解答

pengyong

为什么我的2.5破解的没有你说的选项

bimeng

江大-大牙兔 发表于 2016-4-13 23:10
是的，我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的，因许久没有使用DS2.5，忽略了版本间的差异。重装了DS2.5，然后 ...

大侠，用的2.5版本。按着您说的做了。可还是不行，能不能教一下手动添加PDB啊？

bimeng

江大-大牙兔 发表于 2016-4-13 23:10
是的，我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的，因许久没有使用DS2.5，忽略了版本间的差异。重装了DS2.5，然后 ...

大侠，用的2.5版本。按着您说的做了。可还是不行，能不能教一下手动添加PDB啊？

zhzd201

同样的问题！

fmp

江大-大牙兔 发表于 2016-4-13 23:10
是的，我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的，因许久没有使用DS2.5，忽略了版本间的差异。重装了DS2.5，然后 ...

按照您说的方法，还是不行，不知道还有没有其他方法可以指导指导，不胜感激！

fmp

您好，您用的是DS4.5 版本么？是破解版 的么？能否分享一下其破解版的licences？
不胜感激