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[Discovery Studio] Discovery studio无法下载PDB文件的问题解决

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发表于 2016-4-6 02:12:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

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最近发现DS Client无法直接下载pdb文件。症状如下:1. 从File--open URL 打开时,提示“download of 'http://www.rscb.org/pdb/files/xxxx.pdb'failed. please check URL is valid.”2. 同源建模时,"Load selected structures" ,则提示"cannot retrieve structure for 'http://www.rscb.org/pdb/files/xxxx.pdb'"

上述问题存在与DS的各个版本中,经分析发现,是PDB网站提供的数据库下载地址发生了变化。解决方法如下:

通过菜单栏Edit/Preferences,修改下DS默认下载路径(URL Location)。

将“Default PDB Structures” 的URL Template 由“http://www.rscb.org/pdb/files/@.pdb” 修改为“http://files.rcsb.org/download/@.pdb



image002.jpg

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发表于 2016-4-7 16:57:19 | 显示全部楼层
为什么我的2.5破解的没有你说的选项
QQ图片20160407165532.png
 楼主| 发表于 2016-4-13 23:10:00 | 显示全部楼层
是的,我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的,因许久没有使用DS2.5,忽略了版本间的差异。重装了DS2.5,然后找到了解决方案,仍是通过菜单栏Edit/Preferences,修改下DS默认下载路径(Files Explorer——PDB Location), 在web site处的下拉列表中,选择ftp.wwpdb.org(见附件)即可。
多尝试一下,应该能找到解决方案的。
DS2.5 PDB文件下载.jpg
发表于 2016-5-10 18:06:53 | 显示全部楼层
江大-大牙兔 发表于 2016-4-13 23:10
是的,我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的,因许久没有使用DS2.5,忽略了版本间的差异。重装了DS2.5,然后 ...

大侠,用的2.5版本。按着您说的做了。可还是不行,能不能教一下手动添加PDB啊?
发表于 2016-5-10 18:07:09 | 显示全部楼层
江大-大牙兔 发表于 2016-4-13 23:10
是的,我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的,因许久没有使用DS2.5,忽略了版本间的差异。重装了DS2.5,然后 ...

大侠,用的2.5版本。按着您说的做了。可还是不行,能不能教一下手动添加PDB啊?
发表于 2016-5-17 21:55:32 | 显示全部楼层
楼主,你好!请教个问题,按照各种攻略上说明如:点击Tools|Small Molecules,展开菜单中的Prepare or Filter Ligands一栏“
可是我的新版本中根本没有Prepare or Filter Ligands这一栏啊,好多都是这样子的,如何破?请大神解答
发表于 2016-6-12 20:03:56 | 显示全部楼层
按照你提示说的做了,将web site: "www.rcsb.org"修改为"ftp.wwpdb.org",第一个问题解决了,能直接从File-Open URL下载pdb文件,但是依然不能执行"load selected structure"是怎么回事?求解答
发表于 2016-6-21 14:46:42 | 显示全部楼层
同样的问题!
发表于 2017-3-27 16:29:43 | 显示全部楼层
江大-大牙兔 发表于 2016-4-13 23:10
是的,我原来的方法是针对DS 3.5以上版本的,因许久没有使用DS2.5,忽略了版本间的差异。重装了DS2.5,然后 ...

按照您说的方法,还是不行,不知道还有没有其他方法可以指导指导,不胜感激!
发表于 2017-3-28 11:41:18 | 显示全部楼层
您好,您用的是DS4.5 版本么?是破解版 的么?能否分享一下其破解版的licences?
不胜感激
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