配体分子的准备

徐梦 · 发表于 2016-3-29 21:35:10

请问下，我的受体蛋白是同源建模得到的，那配体要怎么构建呢？有教程说用chem3d软件构建，但是并没有找到相关教程啊，求指导？

zxc1984 · 发表于 2016-4-8 21:06:13

一般用chemoffice里的chembiodraw画出你的配体化学结构，在chembio3D中生成三维结构，然后可以在chembio3D中进行MM2能量最小化（结构优化），也可以另存为mol2格式，然后再SYBYL里进行能量最小化

zxc1984 · 发表于 2016-4-8 21:06:38

本帖最后由 zxc1984 于 2016-4-8 21:11 编辑

也可以到PDB库里去搜索看有没有你的配体，如果有就可以提取出来使用

zxc1984 · 发表于 2016-4-8 21:06:54

本帖最后由 zxc1984 于 2016-4-8 21:08 编辑

最后要注意的是，如果是要发表论文的话，这些软件一定要用正版的

xufund · 发表于 2016-4-9 06:53:44

谢谢分享。
另外推荐一个在线的分子格式转换网址：http://www.sioc-ccbg.ac.cn/?p=42
是中科院上海有机所得王任小老师开发的

晴海11 · 发表于 2016-4-9 23:06:30

可以在pubchem网站上输入小分子配体的英文名找到它

晴海11 · 发表于 2016-4-9 23:09:48

下载sdf格式的配体之后，用openbable转一下格式

哭过笑过01 · 发表于 2016-4-11 19:18:31

如果在PDB库里有配体，要怎么提取配体？能否解释下详细的过程。我们从PDB库里下载的PDB文件，在文件里都包含什么内容？

wangpengfei · 发表于 2016-4-27 20:17:23

zxc1984 发表于 2016-4-8 21:06
最后要注意的是，如果是要发表论文的话，这些软件一定要用正版的

虽然知道不好，但是想确认下如果非正版，会有什么影响？

zxc1984 · 发表于 2016-5-5 21:05:21

哭过笑过01 发表于 2016-4-11 19:18
如果在PDB库里有配体，要怎么提取配体？能否解释下详细的过程。我们从PDB库里下载的PDB文件，在文件里都包 ...

用相应的软件比如pymol、autodock、sybyl打开PDB文件之后，选中你要的分子，再输出为pdb或者mol2格式（这两种比较常用）的文件就可以了，不同软件操作稍有不同，但大同小异，都是一个道理

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