配体是选ZINC数据库还是PDB文件上的？

380522101 · 发表于 2016-3-20 13:31:30

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我的PDB文件中有受体和配体，用autodock做模拟结合时，配体是选这个PDB中的，还是从zinc数据库上下载？二者有什么差异吗？
另外，如果从PDB上取配体，用autodock给配体加氢时，会把一些N原子也加上氢，但这些N原子是不应该加氢的啊，用chimera加氢就不会出现这个问题，可以用chimera加完氢再到autodock上做模拟结合吗？

麦客 · 发表于 2016-3-29 15:19:05

zinc数据库里的有些配体很难买到

380522101 · 发表于 2016-3-30 20:05:16

嗯嗯~谢谢啦~

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