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[Pymol] PyMol只能显示分子间的“氢键”吗?

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发表于 2016-3-2 21:45:21 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我用两种带有氨基酸结构的小分子在PyMol里想看到氢键作用,但是Action-find-polar contact操作后完全没有反应,是小分子间没有氢键吗,还是操作有误呢,大家帮忙分析一下吧!
 楼主| 发表于 2016-3-5 09:52:08 | 显示全部楼层
Pymol都可以显示什么类型的相互作用力?亲疏水性可以吗?
发表于 2016-3-6 21:58:56 | 显示全部楼层
tjpugu 发表于 2016-3-5 09:52
Pymol都可以显示什么类型的相互作用力?亲疏水性可以吗?

疏水相互作用pymol显示不了,可以显示氢键、静电相互作用用。疏水可以使用Chimera。
 楼主| 发表于 2016-3-7 10:07:14 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-3-6 21:58
疏水相互作用pymol显示不了,可以显示氢键、静电相互作用用。疏水可以使用Chimera。 ...

您好,谢谢你的回答。还想问您一下,我在PyMol中测小分子的相互作用力,理论上二者是应该存在氢键的,但是并没有显示出来,是因为作用力太弱还是前期要处理一下PDB文件(文件是我自己用Chemdraw画的)呢?
发表于 2016-3-17 22:02:04 | 显示全部楼层
tjpugu 发表于 2016-3-7 10:07
您好,谢谢你的回答。还想问您一下,我在PyMol中测小分子的相互作用力,理论上二者是应该存在氢键的,但 ...

首先要了解 氢键的定义,距离和角度,pymol软件是默认设置了一定的距离和长度,如果你自己觉得可以形成氢键,可以自定义,画出距离。
发表于 2016-6-21 10:33:23 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-3-17 22:02
首先要了解 氢键的定义,距离和角度,pymol软件是默认设置了一定的距离和长度,如果你自己觉得可以形成氢 ...

pymol软件怎么自定义形成氢键的距离和长度?
发表于 2016-6-22 09:53:40 | 显示全部楼层
麦客 发表于 2016-6-21 10:33
pymol软件怎么自定义形成氢键的距离和长度?

定义氢键的操作方法:
1、在工具条中选择Setting,点选Edite All..
2、在Edite All里面找到h_bond相关选项,设置修改,最后按 回车键 保存参数设置。
hbond-pymol.jpg

发表于 2016-8-17 23:16:27 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-6-22 09:53
定义氢键的操作方法:
1、在工具条中选择Setting,点选Edite All..
2、在Edite All里面找到h_bond相关选 ...

请问这些选项是什么意思?哪个是设置长短的?“谢谢
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